结论：行政机关做出行政处罚决定后，若企业不履行且3个月内未移交法院执行，企业仍需履行处罚决定，且可能面临更严重的法律后果。行政机关和企业均可采取相应措施来应对这一情况。
一、企业应履行的义务及可能面临的法律后果
履行处罚决定的义务：
- 企业作为被处罚对象，有义务按照行政处罚决定书的要求履行相关义务，如缴纳罚款、停止违法行为等。
可能面临的法律后果：
- 加处罚款：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，若企业逾期不履行行政处罚决定，行政机关可以每日按罚款数额的百分之三加处罚款，但加处罚款的数额不得超出罚款的数额。
- 申请法院强制执行：行政机关有权在法定期限内（通常为自期限届满之日起三个月内）向人民法院申请强制执行。一旦法院裁定强制执行，企业将面临更严格的执行措施，如查封、扣押、冻结财产等。
- 信用惩戒：企业不履行行政处罚决定还可能影响其信用记录，被纳入失信被执行人名单，进而在融资、招投标等方面受到限制。
二、行政机关可采取的措施
催告程序：
- 行政机关在申请法院强制执行前，应先向企业发出催告书，催告其履行义务。催告书送达十日后，企业仍未履行义务的，行政机关可以向所在地有管辖权的人民法院申请强制执行。
申请法院强制执行：
- 行政机关应准备相关材料，包括行政处罚决定书、催告书、企业未履行义务的证明等，向法院提出强制执行申请。
- 法院在受理申请后，会进行审查，并作出是否执行的裁定。若裁定执行，法院将采取相应措施强制企业履行义务。
监督与跟进：
- 行政机关应密切关注法院的执行进展，及时与法院沟通，确保执行措施得到有效实施。
- 若企业在执行过程中提出异议或申请复议，行政机关应积极应对，提供必要的证据和法律依据。
三、企业应对建议
及时履行义务：
- 企业应认真对待行政处罚决定，及时履行相关义务，避免不必要的法律风险和损失。
积极沟通协商：
- 若企业确实存在困难无法立即履行义务，应主动与行政机关沟通协商，寻求延期履行、分期履行等解决方案。
寻求法律援助：
- 若企业对行政处罚决定存在异议或认为执行措施不当，可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自身合法权益。
四、特殊情况处理
若行政机关未在法定期限内申请强制执行：
- 根据相关法律规定，若行政机关未在法定期限内向法院申请强制执行，法院将不再受理其强制执行申请。但这并不意味着企业可以免除履行义务的责任，行政机关仍可以通过其他合法途径追究企业的法律责任。
若企业认为行政处罚决定违法或不当：
- 企业可以在收到行政处罚决定书之日起六十日内向作出处罚决定的行政机关的上一级机关申请行政复议，或者在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼。通过复议或诉讼途径，企业可以寻求撤销或变更行政处罚决定。
总结：面对行政机关做出的行政处罚决定，企业应认真对待并及时履行义务。若企业不履行且行政机关未在法定期限内移交法院执行，企业仍需履行处罚决定，并可能面临更严重的法律后果。行政机关和企业均可采取相应措施来应对这一情况，确保法律的正确实施和企业的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。