若没有农民土地承包合同，要办理水田土地证，可按以下步骤处理：
收集能证明土地承包关系的其他证据
- 书面证据：虽然没有正式的承包合同，但可以寻找其他相关的书面材料。比如，村里曾经关于土地承包的会议记录、土地分配方案、土地承包费缴纳凭证等。这些材料在一定程度上能够证明你与集体之间存在土地承包关系以及承包土地的具体情况，如位置、面积等。
- 证人证言：可以请了解情况的村干部、同村村民等作为证人，出具证人证言。证人需要能够清晰陈述你承包水田的相关事实，包括承包的时间、范围、方式等。证人证言在法律上也是一种有效的证据形式，但要注意证人应当出庭作证或者通过合法方式确认其证言的真实性。
- 实际使用证据：提供你长期实际使用该水田的证据，例如种植农作物的记录、购买农资的发票（注明用于该水田）、灌溉水电费缴纳凭证等。这些证据可以证明你一直在对该水田进行经营管理，是实际的使用人。
与发包方协商补签合同或出具证明
- 补签合同：尝试与发包方（通常是村集体经济组织或村民委员会）协商补签土地承包合同。在补签合同过程中，要明确承包土地的详细信息，包括水田的地理位置、面积、四至界限、承包期限、双方的权利义务等内容。补签合同后，就可以按照正常的程序去办理土地证。
- 出具证明：如果由于各种原因无法补签合同，可以要求发包方出具一份书面证明，证明你承包水田的事实。证明中应包含承包土地的基本情况、承包期限等关键信息，并加盖发包方的公章，由负责人签字确认。这份证明将作为办理土地证的重要依据之一。
向相关部门申请办理土地证
- 准备申请材料：除了上述收集的证据和发包方出具的证明或补签的合同外，还需要准备个人身份证明（如身份证、户口本等）、土地权属来源说明等材料。土地权属来源说明要详细阐述你取得该水田承包经营权的经过和依据。
- 提交申请：将准备好的申请材料提交给当地的农村土地承包管理部门（一般是乡镇政府或县级农业农村部门）。提交申请时，要按照要求填写相关的申请表格，确保信息准确无误。
- 审核与公示：农村土地承包管理部门会对你提交的申请材料进行审核，核实土地承包关系的真实性和合法性。审核通过后，会在村里进行公示，公示期一般为一定天数（具体根据当地规定），以接受村民的监督和异议。
- 颁发土地证：如果在公示期内没有收到异议或者异议不成立，农村土地承包管理部门会为你颁发水田土地证，确认你对该水田的承包经营权。
在整个过程中，需要注意以下几点：
- 证据的合法性和真实性：收集的证据必须合法取得，且真实可靠。如果提供虚假证据，不仅无法办理土地证，还可能承担相应的法律责任。
- 与发包方的沟通协调：与发包方保持良好的沟通，积极协商解决问题。发包方的支持和配合对于补签合同或出具证明以及后续的办理土地证手续都非常重要。
- 关注办理进度：在提交申请后，要及时关注办理进度，主动与农村土地承包管理部门联系，了解审核情况。如果发现问题或需要补充材料，要积极配合，尽快解决，以免影响土地证的办理。