农村自建房在一定条件下可以做财产保全。具体分析如下：

1. 财产保全的适用对象
   根据《民事诉讼法》第103条，财产保全适用于“与案件有关的财物”，包括不动产（如房屋）。农村自建房虽未取得完整产权证（如仅有宅基地使用权证或乡村建设规划许可证），但若属于被保全人合法占有或实际控制的财产，且与诉讼争议存在直接关联（如债务纠纷、侵权赔偿等），法院可依法采取保全措施。

2. 操作难点与限制条件

   • 权属证明要求：需提供宅基地使用权证、建房审批文件等证明房屋合法性的材料。若房屋存在违建、超占宅基地等情形，可能因权属瑕疵被法院驳回保全申请。
     
   • 实际控制权：需证明房屋由被保全人实际占有（如居住、出租），若房屋已转让但未过户，可能涉及第三人权益，保全难度增加。
     
   • 地域差异：部分地区对农村房屋保全的司法实践存在差异，需结合当地法院的具体执行标准。

3. 保全方式与程序

   • 查封：法院可对房屋进行查封，禁止被保全人处分（如转让、抵押），但通常不影响其居住使用。
     
   • 申请流程：需向法院提交书面保全申请，明确保全标的、金额及理由，并提供担保（如保险公司保函、现金等）。法院审查后作出裁定，并由执行部门实施保全。

4. 风险提示

   • 保全错误赔偿：若申请人败诉，需赔偿被保全人因保全遭受的损失（如房屋贬值、无法出租的租金损失）。
     
   • 执行障碍：即使保全成功，若被保全人无其他财产可供执行，农村房屋可能因流拍、处置成本高等原因难以变现。

建议：若需对农村自建房申请保全，应优先核实房屋权属及合法性，准备完整证据链，并评估保全必要性及风险。如有具体案件，可进一步向我提供房屋权属证明、诉讼争议焦点等信息，以便针对性分析。