结论：农村自建房仅有土地使用证而无房产证，在符合一定条件下可以申请财产保全，但存在一定限制和风险。以下从不同角度进行分析：

1. 财产保全的法律依据与条件
   根据《民事诉讼法》第103条，财产保全的目的是防止当事人转移、隐匿财产，确保判决得以执行。申请财产保全需满足两个核心条件：

   • 财产权属明确：需证明申请保全的财产属于被申请人所有或存在争议；
     
   • 存在执行风险：如被申请人有转移财产、逃避债务等行为。
     对于农村自建房，若土地使用证登记在被申请人名下，且房屋由其实际占有使用，可初步证明权属关系，但需进一步举证房屋的实际归属。

2. 无房产证对财产保全的影响

   • 权属证明的局限性：房产证是房屋所有权的法定凭证，无房产证可能导致权属争议。若被申请人主张房屋为他人所有（如共有人、实际出资人），需通过其他证据（如建房合同、资金往来记录）佐证权属；
     
   • 保全范围的限制：法院可能仅对土地使用权部分采取保全措施，而对房屋本身是否保全存在争议。实践中，部分法院会结合土地与房屋的不可分割性，一并保全地上建筑物，但需以“房地一体”原则为依据。

3. 申请财产保全的实务建议

   • 补充证据链：除土地使用证外，提供建房审批文件、村委会证明、水电费缴纳记录等，证明房屋由被申请人实际控制；
     
   • 明确保全标的：在申请书中清晰写明“请求保全位于XX村XX号的土地使用权及地上建筑物”，避免因标的模糊被驳回；
     
   • 提供担保：根据《民事诉讼法》第104条，申请人需提供与保全标的等值的担保（如现金、房产、保险公司保函），否则法院可能拒绝保全。

4. 风险提示

   • 保全错误责任：若最终判决不支持申请人的诉求，申请人需赔偿被申请人因保全遭受的损失（如房屋无法出租、转让的损失）；
     
   • 执行难度：即使保全成功，若房屋无房产证，后续拍卖、过户可能面临障碍，需提前与法院沟通执行方案。

行动建议：

• 立即收集土地使用证、建房相关证据，向法院提交财产保全申请；
  
• 同步推进房产证补办程序（如符合办证条件），以强化权属证明；
  
• 如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程及风险防范措施。