假冒注册商标罪案件中存在未到案人员时，案件处理流程会根据未到案人员的具体角色和案件进展阶段有所不同，但总体遵循刑事诉讼程序的基本框架。以下是具体流程分析：

1. 侦查阶段

   • 立案与初查：公安机关发现假冒注册商标犯罪线索后，会先进行初查，确认存在犯罪事实且需要追究刑事责任时，正式立案侦查。
     
   • 抓捕与讯问：对已到案的犯罪嫌疑人进行讯问，同时会通过技术侦查、群众举报等手段追查未到案人员（如同案犯、上下游供应商等）。若未到案人员身份明确但未归案，公安机关会将其列为网上追逃对象，通过全国在逃人员信息系统发布通缉令。
     
   • 证据收集：即使部分人员未到案，公安机关仍会继续收集证据（如假冒商品、销售记录、商标注册证明等），以形成完整证据链。若未到案人员是关键证据提供者（如生产环节负责人），可能会通过其亲属或关联人劝其自首，或通过技术手段锁定其位置实施抓捕。

2. 审查起诉阶段

   • 案件移送：公安机关侦查终结后，会将案件移送检察院审查起诉。此时若仍有未到案人员，检察院会要求公安机关补充说明抓捕情况，或根据现有证据决定是否起诉已到案人员。
     
   • 分案处理：若未到案人员与已到案人员犯罪事实关联性较弱（如分别负责不同环节），检察院可能对已到案人员先行起诉；若关联性强（如共同策划犯罪），通常会要求公安机关继续追捕，待人员到案后一并起诉，以避免“分段起诉”导致证据矛盾或量刑失衡。
     
   • 退回补充侦查：若现有证据因未到案人员缺失而无法证明犯罪事实（如缺少关键证人证言），检察院可能将案件退回公安机关补充侦查，要求加大追捕力度。

3. 审判阶段

   • 缺席审判的例外：根据《刑事诉讼法》第291条，对贪污贿赂等重大案件，经最高检核准，可对逃匿境外的被告人缺席审判。但假冒注册商标罪一般不属于此类，因此未到案人员通常需到案后才能审判。
     
   • 中止审理：若未到案人员是必要共同被告人（如共同实施假冒行为的核心成员），法院可能裁定中止审理，待其到案后恢复；若非必要共同被告人（如仅提供辅助服务的人员），法院可对已到案人员先行判决。
     
   • 量刑考量：已到案人员若能协助抓捕未到案人员（如提供线索、劝投等），可能被认定为“立功”，从而在量刑时获得从轻或减轻处罚。

总结建议：若您或您的企业涉及假冒注册商标罪案件，且存在未到案人员，建议：

1. 立即委托律师介入，评估未到案人员对案件的影响（如是否属于主犯、证据是否充分等）；
   
2. 配合公安机关抓捕未到案人员，争取立功表现；
   
3. 若未到案人员是亲属或员工，避免包庇、毁灭证据等行为，否则可能构成“窝藏、包庇罪”或“帮助毁灭证据罪”，导致案情复杂化。
   

如有具体案件细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合证据情况为您制定应对策略。