在企业工作三年后辞职是否有补偿，主要取决于辞职的具体原因。以下是不同情况下的详细分析：
员工因个人原因主动辞职
- 结论：通常无经济补偿。
- 分析：若员工出于个人职业规划、家庭事务等原因主动向用人单位提出辞职，并且按照法律规定提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期内提前三日通知），则用人单位无需向员工支付任何经济补偿。这是基于员工自愿离职的原则。
员工因用人单位违法行为被迫辞职
- 结论：有权要求经济补偿。
- 分析：当用人单位存在下列违法行为时，员工可以“被迫辞职”并要求经济补偿：
- 未提供劳动保护或劳动条件：如工作场所存在安全隐患，危及员工健康。
- 未及时足额支付劳动报酬：包括克扣、拖欠工资等行为。
- 未依法缴纳社会保险费：未按法律规定为员工缴纳社保。
- 规章制度违法：用人单位的规章制度违反法律法规，损害员工权益。
- 劳动合同无效：用人单位以欺诈、胁迫等手段使员工在违背真实意思的情况下订立或变更劳动合同。
- 强迫劳动或危及安全：用人单位以暴力、威胁或非法限制人身自由的手段强迫员工劳动，或违章指挥、强令冒险作业危及员工人身安全。
- 经济补偿计算：员工有权要求用人单位按照其在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准进行经济补偿。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资标准为员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若员工月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
用人单位违法解除劳动合同
- 结论：需支付双倍赔偿金。
- 分析：若用人单位无正当理由辞退员工，构成违法解除劳动合同，则需按照经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。这是对用人单位违法行为的惩罚性规定。
建议与注意事项：
- 保留证据：若员工因用人单位违法行为被迫辞职，应保留相关证据，如工资条、考勤记录、社保缴纳记录、与公司沟通相关问题的聊天记录或邮件等，以支持自己的主张。
- 协商与投诉：若用人单位拒绝支付应得的经济补偿，员工可以首先尝试与公司协商。协商不成时，可以向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等方式来维护自己的合法权益。
- 离职流程：对于主动离职的员工，应当提前三十日以书面形式通知用人单位，并按照规定办理工作交接，确保归还所有属于用人单位的财物。
综上所述，员工在企业工作三年后辞职是否有补偿，主要取决于辞职的原因。员工应了解自己的权益和用人单位的义务，确保在必要时能够依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。