代发工资时进行代扣工资是否合法，这主要取决于代扣的具体情形和法律依据。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法代扣的情形
法定代扣：
- 根据相关法律法规，用人单位在代发工资时，有权代扣一些法定项目，如个人所得税、社会保险费用、法院判决要求的抚养费、赡养费等。这些代扣项目是基于法律明确规定的，因此是合法的。
合同约定代扣：
- 如果劳动合同或员工手册等书面文件中明确规定了代扣工资的情形，如因员工违反公司规章制度或造成经济损失而需承担的赔偿责任，且用人单位按照约定执行，则这种代扣也是合法的。但需要注意的是，代扣的金额和方式必须合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
员工同意代扣：
- 在某些情况下，员工可能出于个人原因（如自愿参加公司组织的培训并承担部分费用）同意用人单位从工资中代扣一定金额。这种代扣基于员工的自愿和同意，因此也是合法的。
二、非法代扣的情形
无依据代扣：
- 如果用人单位未经员工同意或未在合同、规章制度中明确规定，擅自代扣工资，这种行为属于违法行为。员工有权要求用人单位立即退还被扣款项，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
超额代扣：
- 即使存在合法的代扣依据，如因员工违反公司规章制度而需承担的赔偿责任，用人单位也不得超额代扣。代扣的金额必须合理，且不得超过员工应承担的实际损失。
违反法定程序代扣：
- 用人单位在代扣工资时，必须遵循法定程序。例如，对于因员工原因给用人单位造成经济损失的赔偿，用人单位应先与员工协商确定赔偿金额和方式，并采用书面形式进行确认。如果未经协商或未采用书面形式变更劳动合同而擅自代扣工资，这种行为也是违法的。
三、法律建议
对于用人单位：
- 在代发工资时，应确保代扣行为有明确的法律依据或合同约定，并遵循法定程序。
- 代扣的金额必须合理，且不得超过员工应承担的实际损失。
- 应及时向员工提供工资明细，确保员工对代扣项目有清晰的了解。
对于劳动者：
- 如果发现用人单位擅自代扣工资或代扣金额不合理，应首先与用人单位沟通，要求提供扣款依据。
- 如果沟通无果，可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，提供相关证据以证明用人单位的非法扣款行为。
- 对劳动仲裁结果不满意时，可向人民法院提起诉讼，要求返还被扣款项并寻求赔偿。
总结来说，代发工资时进行代扣工资是否合法，取决于代扣的具体情形和法律依据。用人单位应确保代扣行为合法合规，劳动者也应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。