员工工作三个月后因工作导致腰疼，若被认定为工伤，赔偿计算需结合伤情鉴定结果及当地具体规定，一般包括医疗费、停工留薪期工资、伤残补助金等项目。以下是具体分析：

1. 工伤认定是前提
   首先需确认腰疼是否与工作直接相关（如长期搬运、久坐等职业因素导致），并由社保部门认定为工伤。若单位未缴纳工伤保险，所有赔偿由单位承担；若已缴纳，则由工伤保险基金和单位共同支付。

2. 赔偿项目及计算方式

   • 医疗费：凭票据报销，包括治疗、康复费用。
     
   • 停工留薪期工资：按原工资福利按月支付，期限由劳动能力鉴定委员会确定（一般不超过12个月）。
     
   • 伤残补助金：若经鉴定构成伤残（十级至一级），按本人工资×伤残等级对应月数支付（如十级为7个月）。
     
   • 其他费用：包括护理费、住院伙食补助费、交通费等，按实际发生和当地标准计算。

3. 关键注意事项

   • 及时申请工伤认定：单位需在事故发生后30日内申请，逾期可由员工或家属在1年内申请。
     
   • 劳动能力鉴定：伤情稳定后需申请鉴定，以确定伤残等级和停工留薪期。
     
   • 证据保留：保存医疗记录、工作证明、工资流水等，以备维权使用。

建议行动：

1. 立即向单位报告伤情，要求申请工伤认定；
   
2. 收集医疗证据和工作相关证明；
   
3. 若单位不配合，可自行向社保部门申请认定并主张赔偿。
   

如有进一步细节（如是否签订合同、单位态度等），可补充说明以便更精准解答。