公司注销时，其他应付款能否协商以后处理，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、有能力偿还的情况
直接支付：
- 如果公司注销时仍有足够的银行存款等货币资金，最直接且合规的方式是直接支付给债权人，冲减相应的其他应付账款账目。这种方式能够确保债务得到及时清偿，避免后续纠纷。
资产抵债：
- 若公司货币资金不足，但拥有非货币资产如固定资产、存货等，可以与债权人协商，用这些资产抵偿债务。需注意的是，用于抵债的资产需进行评估，按双方认可的价值进行账务处理，以确保交易的公平性和合法性。
特定情况下的转为资本公积：
- 在极少数特定情况下，经相关部门批准，公司可以将无法支付的其他应付款转为资本公积。但这一操作需严格符合法律法规规定，并经过严格审批，否则可能面临法律风险。
二、与债权人协商还款
- 积极沟通：
- 在公司注销前，应积极与债权人沟通，争取达成还款协议。如果债权人同意企业在注销后的一定期限内归还欠款，并签订书面协议，那么其他应付款可以协商以后处理。但这种方式需确保协议内容合法合规，且公司有能力在约定时间内履行还款义务。
三、无需偿还的情况
债权人放弃债权：
- 如果债权人明确表示放弃债权，公司应将这部分无需偿还的其他应付账款确认为营业外收入，并计入当年的应纳税所得额，计算缴纳企业所得税。此时，其他应付款无需再协商处理。
超过诉讼时效：
- 若债务已过法定诉讼时效，且债权人未在诉讼时效期间内主张权利，公司可以考虑将该笔其他应付账款进行清理，作为营业外收入处理并缴纳企业所得税。但需谨慎判断是否存在潜在的法律风险，如债权人是否可能通过其他方式主张权利。
四、资不抵债无法偿还
破产清算程序：
- 如果公司资不抵债，无法偿还所有债务，应依法进入破产清算程序。成立清算组对企业的财产以及负债进行统一清算，债权人应在规定期限内向清算组申报债权，清算组按照《企业破产法》规定的清偿顺序进行清偿。此时，其他应付款的处理将遵循破产清算程序的规定。
简易注销情况：
- 在适用简易注销程序时，公司应承诺对未清偿债务承担相应的法律责任。如果注销后发现仍有未偿还的其他应付账款，债权人有权要求公司原股东等相关责任主体在承诺范围内承担偿还责任。因此，在简易注销情况下，其他应付款的处理需谨慎考虑，避免给原股东等相关责任主体带来不必要的法律风险。
五、会计处理与文件留存
会计处理：
- 无论选择哪种方式处理其他应付款，都需在财务系统中进行相应的会计处理，如借记“应付账款”科目，贷记“银行存款”、“固定资产”、“营业外收入”等科目，确保账目清晰准确。
文件留存：
- 将注销应付账款的相关文件，如批准文件、会计凭证、还款协议等进行妥善留存，以备日后审计或查询之用。这些文件是证明公司处理其他应付款合法合规的重要依据。
总结与建议：
公司注销时其他应付款的处理需综合考虑多种因素，包括公司的偿债能力、债权人的意愿、法律法规的要求等。如果公司有能力偿还债务，应优先选择直接支付或资产抵债等方式；如果与债权人协商达成还款协议，需确保协议内容合法合规；如果债务无需偿还或已过诉讼时效，需谨慎处理并考虑潜在的法律风险；如果公司资不抵债无法偿还所有债务，应依法进入破产清算程序或遵循简易注销程序的规定。
在处理过程中，公司应注重会计处理的准确性和文件的留存工作，以便日后查询和审计。如果您在公司注销过程中遇到其他应付款处理的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。