结论：公司法人一般不能直接申请实际掌权人清理公司所有贷款，但可以通过特定法律途径来维护公司权益或解决相关问题，具体需视情况而定。以下分情况详细说明：

1. 若实际掌权人存在损害公司利益的行为：

   • 如果实际掌权人（如控股股东、实际控制人等）利用其地位，通过不正当手段使公司承担了不应有的贷款，或者将公司贷款用于个人目的，损害了公司利益，那么公司法人（通常指法定代表人）可以代表公司，依据《公司法》的相关规定，向实际掌权人提起损害公司利益责任纠纷之诉。
   • 在此类诉讼中，公司需要证明实际掌权人存在滥用权利、违反忠实义务等行为，并导致了公司损失。如果法院认定实际掌权人确实存在过错，可能会判决其赔偿公司损失，但这并不意味着直接“清理”公司所有贷款，而是对公司因实际掌权人行为所遭受的损失进行赔偿。

2. 若公司贷款存在合法合规问题：

   • 如果公司贷款本身存在合法合规问题，如贷款合同存在瑕疵、贷款用途不符合规定等，公司法人可以代表公司与贷款机构协商，寻求解决方案，如重新协商贷款条件、提前还款等。
   • 在这种情况下，实际掌权人如果也是贷款决策或执行过程中的相关责任人，可能需要承担相应的管理责任或法律责任，但这同样不直接等同于“清理”公司所有贷款。

3. 若实际掌权人愿意主动承担贷款：

   • 如果实际掌权人出于某种原因（如个人责任感、避免公司破产等）愿意主动承担公司所有贷款，这通常需要与公司、贷款机构等多方进行协商，并达成书面协议。
   • 在这种情况下，虽然实际掌权人承担了贷款，但公司法人仍需确保相关协议的合法性和有效性，并监督贷款的实际偿还情况。

建议：

• 公司法人应首先了解公司贷款的具体情况，包括贷款合同、贷款用途、还款计划等。
• 如果发现实际掌权人存在损害公司利益的行为，应及时收集证据，并考虑通过法律途径维护公司权益。
• 在处理公司贷款问题时，应咨询专业律师的意见，以确保决策的合法性和有效性。

如有任何进一步的问题或需要具体的法律建议，请随时向我咨询。