核心结论：公司提起诉讼但大股东不同意并提出不同意见时，处理方式需结合公司章程、股东会决议程序以及具体争议事项来综合判断，常见处理路径包括完善内部决策程序、通过法律途径确认决议效力或协调股东间利益冲突。
具体分析：
第一步：核查公司章程及股东会决议程序
根据《公司法》及公司章程，诉讼事项通常属于重大决策，需经股东会或董事会决议通过。若公司已按章程规定召开股东会并形成有效决议（如代表三分之二以上表决权的股东同意），即使大股东反对，决议仍合法有效，公司可据此提起诉讼。此时需重点审查：
- 决议是否符合法定表决比例（如普通决议需过半数，特别决议需三分之二以上）；
- 大股东是否因程序瑕疵（如未提前通知、未计入表决权）主张决议无效或可撤销；
- 若决议程序合法，大股东的反对意见不构成阻碍诉讼的合法理由。
第二步：处理大股东反对的合法性争议
若大股东认为诉讼决议程序违法或损害其利益，可能通过以下方式阻挠：
- 提起决议无效/撤销之诉：大股东可在决议作出之日起60日内向法院起诉，主张决议内容违反法律、行政法规或公司章程（如诉讼目的不正当、损害公司利益）。此时需准备决议程序证据（如会议记录、表决结果）及诉讼必要性证明（如对方违约证据、损失计算），以应对大股东的挑战。
- 行使股东知情权：大股东可能要求查阅公司账簿、会议记录等，以核实诉讼是否符合公司利益。公司应配合提供合法范围内的文件，避免因隐瞒信息导致决议被撤销。
- 申请财产保全异议：若诉讼中涉及财产保全，大股东可对保全措施提出异议，公司需证明保全的紧迫性和必要性（如对方转移财产的风险）。
第三步：协调股东间利益冲突
若诉讼决议程序合法但大股东仍强烈反对，可尝试通过以下方式化解矛盾：
- 召开临时股东会：重新审议诉讼事项，充分说明诉讼理由（如对方违约事实、预期赔偿金额），争取大股东理解；
- 引入第三方调解：通过行业协会、商会或专业调解机构介入，平衡大股东与公司整体利益；
- 股权转让或回购：若大股东坚持反对且无法协调，可协商由其他股东受让其股权，或公司按章程规定回购其股份，从根本上解决决策分歧。
风险提示：
- 若公司未履行法定决议程序直接提起诉讼，大股东可主张诉讼非公司真实意思表示，导致法院驳回起诉；
- 诉讼过程中需注意保密义务，避免因泄露商业秘密或诉讼策略引发大股东进一步争议；
- 若大股东同时担任公司董事或高管，其反对意见可能涉及忠实义务和勤勉义务的审查，需准备其未履行职责的证据（如未参与决策、未阻止不当行为）。
建议：公司应首先核查决议程序合法性，若程序无误则可推进诉讼；若存在瑕疵，需尽快补正或与大股东协商。如有具体争议事项或决议文件，可进一步向我提供细节，我将协助分析风险并制定应对方案。