当车主因违法扣分太多，一次性处理超过12分时，需要按照以下步骤来处理这一问题：
一、接受处罚并扣留驾驶证
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分的，公安机关交通管理部门会扣留其机动车驾驶证，并开具强制措施凭证。此时，您需要配合交警的工作，并妥善保管好强制措施凭证，以便后续处理。
二、参加满分学习与考试
学习时间：您需要在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。
学习内容：学习内容涵盖道路交通安全法律法规、交通安全文明驾驶常识、应急处置知识以及交通事故案例警示教育等，旨在提升您的交通安全意识和驾驶技能。
学习方式：学习方式灵活多样，可以采取现场教育、网络教育和自主学习等方式相结合。对于持有B照以上且一个记分周期内记分满12分的驾驶人，还需进行30天以上的现场教育。
参加考试：完成学习后，您需要参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分将予以清除，并发还机动车驾驶证；考试不合格的，则需要继续参加学习和考试，直至合格为止。
三、特殊情况处理
实习期记满12分：如果您持有的是大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证，且在实习期内记满12分，那么您的实习准驾车型驾驶资格将被注销。对于C类驾照，实习期内扣分超过11分的，实习期准驾车型驾驶资格同样将被注销。
两次以上记满12分：如果您在一个记分周期内有两次以上达到12分或者累积记分达到24分以上的，除了需要参加科目一考试外，还需要参加科目三的道路驾驶技能考试。所有考试科目合格后，方可重新获得驾驶证。
四、注意事项
及时处理：您应尽快处理违章行为，避免影响驾驶证的正常使用。
遵守规定：在学习和考试期间，应严格遵守相关规定，不得有任何违规行为。
加强自我约束：在处理违章期间及之后，应严格遵守交通法规，养成良好的驾驶习惯，避免再次违章导致扣分增加。
五、寻求专业帮助
如果您对违章处理流程或相关法规不熟悉，建议咨询专业的交通律师或交管部门工作人员，以获取准确的指导和建议。
综上所述，面对一次性扣分超过12分的情况，您需要积极配合交管部门的处理，参加满分学习与考试，并加强自我约束，确保行车安全，减少违章行为的发生。