当机动车驾驶人违章扣分达到12分时，这是一个相对严重的情况，需要按照一系列规定流程来处理。以下是我为您详细梳理的处理步骤和相关法律规定：
一、驾驶证扣留与通知
首先，您会收到交通管理部门的通知，告知您的驾驶证已被扣满12分，并依法扣留您的机动车驾驶证。同时，您会收到一份强制措施凭证及满分教育通知书，要求您在规定时间内参加满分学习。
二、参加满分学习
学习内容与时间：
- 您需要在收到通知后的十五日内，前往机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门，参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。对于持有大型客车、重型牵引挂车、城市公交车、中型客车、大型货车等特定类型驾驶证（A、B类驾驶证）的驾驶人，学习时间可能会延长至三十天。
学习方式：
- 学习可以选择现场进行，由专业交警或培训人员面对面授课；部分地区也提供了网络学习平台，您可以通过在线课程完成学习任务。
三、参加科目一考试
考试安排：
- 学习完成后，您需要在二十日内参加道路交通安全法律、法规和相关知识考试，也就是我们通常所说的科目一考试。考试内容基于您所学的内容，题型包括选择题、判断题等。
考试结果处理：
- 如果考试合格，您的记分将被清除，并发还机动车驾驶证。
- 如果考试不合格，您可以申请补考，直至合格为止。
四、特殊情况处理
A、B类驾驶证持有人：
- 如果您持有的是A、B类驾驶证，且在一个记分周期内记满12分，除了上述流程外，车辆管理所还将注销您的最高准驾车型驾驶资格。您需要在三十日内到车管所办理降级换证业务。
实习期内扣满12分：
- 如果您在实习期内扣满12分，您的实习准驾车型驾驶资格将被注销，需要重新考取驾驶证。
多次扣满12分：
- 如果您在一个记分周期内有两次以上达到12分或累积记分达到24分以上，除了参加满分学习和考试外，还需在考试合格后十日内参加道路驾驶技能考试。
五、拒不参加学习与考试的后果
如果您拒不参加学习或考试，公安机关交通管理部门将公告您的机动车驾驶证停止使用，这意味着您将无法继续驾驶机动车。
总结与建议：
当您的机动车违章扣分达到12分时，请务必积极配合公安机关交通管理部门的处理流程，及时参加满分学习和考试以恢复驾驶资格。同时，我也建议您加强交通安全意识，严格遵守交通法规，避免再次发生违章行为导致扣分。如果您在处理过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时与当地交通管理部门联系。