当机动车驾驶人的违章扣分达到12分时，将面临一系列的处理流程，以下是详细且清晰的解答：

一、扣留驾驶证

根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，当机动车驾驶人在一个记分周期内累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证。此时，您需要携带相关证件（如身份证、驾驶证等）前往交通管理部门处理违章事宜。

二、参加学习与考试

1. 学习：被扣留驾驶证后，您应在十五日内到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。对于大型客车、重型牵引挂车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶人，学习时间为三十天。学习内容涵盖道路交通安全法律、法规、交通信号、驾驶道德及交通事故案例等。

2. 考试：学习结束后，车辆管理所将在二十日内组织进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试（即科目一考试）。考试合格的，记分予以清除，并发还机动车驾驶证；考试不合格的，则需继续参加学习和考试，直至合格为止。

三、特殊情况处理

• 对于持有大型客车（A类）、牵引车（A类）、城市公交车（A类）、中型客车（B类）、大型货车（B类）等特定类型驾驶证的驾驶人，若在一个记分周期内有记满12分的记录，除上述流程外，车辆管理所还将注销其最高准驾车型驾驶资格。驾驶人需在三十日内到车管所办理降级换证业务。
• 若驾驶人在一个记分周期内多次累积记分满12分，或累积记分达到更高数值（如24分、36分），在通过道路交通安全法律、法规和相关知识考试后，可能还需按照相关规定预约参加道路驾驶技能考试（科目三）或场地驾驶技能考试（科目二）和道路驾驶技能考试（科目三）。

四、拒不参加学习与考试的后果

若机动车驾驶人拒不参加公安机关交通管理部门通知的学习，也不接受考试，公安机关交通管理部门将公告其机动车驾驶证停止使用。这意味着您将不能继续驾驶车辆，否则将面临严重的法律后果。

五、建议与预防

• 鉴于这一流程的复杂性和耗时性，强烈建议机动车驾驶人严格遵守交通规则，避免违章行为，确保驾驶安全。
• 定期对车辆进行保养和检查，确保车辆性能良好，减少因车辆故障导致的违章行为。
• 加强对交通法规的学习和理解，提高交通安全意识。
• 如对交通法规有任何疑问或需要进一步的法律咨询，建议及时向专业律师或交通管理部门咨询。

综上所述，当机动车驾驶人的违章扣分达到12分时，应积极配合公安机关交通管理部门的处理流程，参加学习与考试，并遵守相关规定。同时，也应加强自我约束和管理，确保驾驶安全。