关于“土地转让协议代建是否合法”的问题，结论需分情况讨论，具体如下：

一、合法情形分析

1. 符合法定转让条件且代建行为合法

   • 土地性质与用途：若转让的土地为国有建设用地使用权，且已满足《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十九条规定的转让条件（如已支付全部土地使用权出让金、取得土地使用权证书、完成一定比例的投资开发等），同时代建行为符合土地用途规划，未改变土地性质，则土地转让协议及代建行为可能合法。
   • 代建行为合规性：代建行为需符合相关法律法规，如代建方需具备相应的资质，代建合同内容合法合规，未违反法律强制性规定或损害社会公共利益。

2. 农村集体土地承包经营权流转中的代建

   • 流转合法性：若转让的土地为农村集体土地承包经营权，且流转行为符合《中华人民共和国农村土地承包法》的规定（如经发包方同意、流转期限不超过承包期剩余期限、受让方具备农业经营能力等），同时代建行为用于农业用途，未改变土地农业性质，则土地转让协议及代建行为可能合法。
   • 代建用途限制：代建行为需严格限于农业用途，如建设农业设施、农田水利设施等，不得用于非农业建设，否则可能因违反土地用途管制制度而无效。

二、不合法情形分析

1. 非法转让集体土地所有权或使用权

   • 集体土地所有权：农村集体土地所有权归集体所有，不得非法转让。若土地转让协议涉及集体土地所有权的转让，则协议无效。
   • 集体土地使用权非法转让：若转让的土地为农村集体土地使用权，但未依法办理审批手续或违反土地用途管制制度（如将农业用地未经合法审批转让用于非农业建设），则土地转让协议及代建行为可能违法。

2. 代建行为违反法律法规

   • 无资质代建：若代建方不具备相应的建筑资质或超越资质范围承揽工程，则代建行为可能违法，导致土地转让协议及代建合同无效。
   • 代建内容违法：若代建行为涉及违法建设（如未经批准擅自建设、违反规划建设等），则土地转让协议及代建行为可能因违法而无效。

三、法律建议

1. 审查土地性质与用途：在签订土地转让协议前，务必审查土地的性质（国有或集体）和用途（农业或非农业），确保转让行为符合土地管理法规的相关规定。
2. 核实代建方资质：若涉及代建行为，需核实代建方的建筑资质和经营范围，确保代建行为合法合规。
3. 明确协议内容：土地转让协议应明确土地的位置、面积、用途、转让价格、付款方式、交付时间以及代建的具体内容、期限、质量标准等关键信息，避免条款模糊或违法违规。
4. 办理审批与登记手续：根据土地性质和用途，依法办理相关的审批和登记手续，确保土地转让和代建行为的合法性。

若您对土地转让协议代建的合法性仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。