要证明国企员工向个人老板借款并写了借条的行为不是行贿，关键在于证明该借款行为的合法性、真实性和非利益输送性。以下是从不同角度进行的分析和建议：
借款行为的合法性：
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，行贿罪通常涉及为谋取不正当利益而给予国家工作人员财物。若借款行为本身合法，且没有谋取不正当利益的意图，则不构成行贿。
- 证明要点：需证明借款行为符合相关法律法规，如借款利率合法、借款用途正当等。同时，要确保借款行为没有违反国企的内部规定或行业规范。
借款的真实性：
- 借条的效力：借条作为借款行为的直接证据，应详细记录借款金额、利率、还款期限等关键信息，并由双方签字确认。借条的真实性和合法性是证明借款行为非行贿的重要依据。
- 资金流转证明：除了借条外，还应提供资金流转的证明，如银行转账记录、收据等，以证明借款确实发生，并且资金已按照借条约定流转。
非利益输送性：
- 无谋取不正当利益：要证明借款行为并非为了谋取不正当利益，如获取项目、晋升职位等。这可以通过借款时的背景、目的以及后续行为来综合判断。
- 无利益关联：需证明借款双方之间不存在其他利益关联，如业务往来、合作等，以排除利益输送的可能性。
其他辅助证据：
- 证人证言：如有目击者或了解借款情况的人，可以请其提供证言，以证明借款行为的真实性和合法性。
- 相关记录：如借款期间的聊天记录、邮件等，也可以作为辅助证据，证明借款双方之间的沟通和约定。
在具体操作中，建议采取以下措施：
- 保留完整证据链：确保借条、资金流转证明、证人证言等所有相关证据都完整保留，以便在需要时提供。
- 咨询专业律师：由于职务犯罪案件的复杂性和敏感性，建议在处理此类问题时咨询专业律师，以确保合法合规并有效维护自身权益。
- 主动配合调查：如果相关部门对此事进行调查，应主动配合并提供所有相关证据，以证明借款行为的合法性和真实性。
若面临相关指控或调查，应如何应对：
- 保持冷静：面对指控或调查时，保持冷静并积极配合相关部门的工作。
- 提供证据：及时提供所有相关证据，以证明借款行为的合法性和真实性。
- 寻求法律帮助：如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以制定合适的应对策略并维护自身权益。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。