结论：用人单位在您签劳动合同两个月工作半个月后辞职扣三天工资的做法，一般是不合法的。具体分析如下：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。同时，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，劳动者提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，除非劳动合同中有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意扣除劳动者的工资。
二、具体分析
工资扣除的合法性：
- 用人单位扣除工资必须基于合法、合理的理由，如劳动者违反公司规章制度、造成经济损失等，并且需要按照法定程序进行。
- 在您的情况下，仅因辞职就扣除三天工资，显然缺乏合法依据。除非劳动合同中有明确约定，且该约定符合法律法规的规定，否则这种扣除行为是不合法的。
劳动合同的约定：
- 如果劳动合同中有关于辞职后工资扣除的条款，需要仔细审查该条款是否合法、合理。
- 一般来说，劳动合同中的条款不得违反法律法规的强制性规定，否则该条款无效。因此，即使劳动合同中有相关约定，如果违反了劳动法的规定，用人单位也不能依据该条款扣除工资。
可能的法律后果：
- 如果用人单位非法扣除工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成恶意拖欠工资，还可能面临更严重的法律责任。
三、建议与行动
与用人单位协商：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行沟通，了解其扣除工资的具体原因和依据。
- 如果用人单位无法提供合法、合理的解释，您可以明确表示反对这种扣除行为，并要求用人单位立即支付被扣除的工资。
寻求法律援助：
- 如果与用人单位协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 在投诉或申请仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、辞职通知等，以证明用人单位的非法扣除行为。
保留证据并准备诉讼：
- 在整个过程中，您需要保留好所有相关证据，以备不时之需。
- 如果劳动监察部门或劳动仲裁机构无法解决问题，您还可以考虑向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
最后，作为劳动者，您享有取得劳动报酬的合法权益。如果用人单位非法扣除您的工资，您有权采取法律手段维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。