法院对单独起诉确认鉴定报告无效的案件，通常会根据鉴定报告的性质、用途及案件具体情况，分情况处理，具体如下：

1. 若鉴定报告是诉讼中的证据
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，鉴定意见属于法定证据类型之一，但其效力需通过法庭质证、审查后认定。若当事人仅起诉要求“确认鉴定报告无效”，而未在原诉讼中提出异议或申请重新鉴定，法院一般不会单独受理此类请求。
   处理方式：法院可能告知当事人，鉴定报告的效力需在原诉讼中通过质证、申请重新鉴定或上诉等程序解决，而非单独起诉确认无效。若原诉讼已终结，当事人可通过再审程序主张鉴定报告存在瑕疵（如程序违法、依据不足等），但需符合《民事诉讼法》第207条规定的再审条件。

2. 若鉴定报告是诉讼外形成的（如行政鉴定、仲裁鉴定等）
   若鉴定报告并非为诉讼目的制作，而是用于行政许可、仲裁裁决等其他场景，当事人认为其存在违法或错误，可单独起诉要求确认无效。但需满足以下条件：

   • 主体适格：起诉人需与鉴定报告有直接利害关系（如被鉴定人、鉴定结果影响其权益的第三方）；
     
   • 有明确请求：需指出鉴定报告违反法定程序（如未通知当事人到场、鉴定机构无资质）或实体错误（如依据明显不足、结论与事实矛盾）；
     
   • 属于法院受案范围：若鉴定报告是行政机关委托制作，可能需通过行政诉讼解决；若是民间机构出具，可能需通过民事诉讼主张侵权或违约责任。
     处理方式：法院会审查鉴定报告的制作程序、依据及内容，若存在重大违法或明显错误，可能判决确认无效或撤销；若仅存在瑕疵但不影响实质结论，可能驳回请求。

3. 若鉴定报告涉及刑事案件
   刑事诉讼中的鉴定意见需由公安机关、检察院委托有资质的机构制作，当事人对鉴定有异议的，需在侦查、审查起诉阶段提出补充鉴定或重新鉴定申请。进入审判阶段后，可通过申请非法证据排除或要求鉴定人出庭质证等方式解决，一般不允许单独起诉确认无效。
   处理方式：法院会引导当事人通过刑事诉讼程序解决，若鉴定意见确实存在违法（如刑讯逼供、伪造证据），可能直接排除其证据效力，但不会单独出具“确认无效”的判决。

建议：

• 若鉴定报告已用于诉讼，优先在原诉讼中提出异议（如申请重新鉴定、上诉时主张程序违法）；
  
• 若鉴定报告是诉讼外形成，需收集其违法或错误的证据（如鉴定机构无资质、鉴定过程违规），再向法院起诉；
  
• 涉及专业问题时，可委托律师协助分析鉴定报告的合法性及诉讼策略。
  

如有具体案件或鉴定报告内容，可进一步向我咨询，我会结合细节为您详细解答。