当法院依据新证据作出判决时，原协议的处理方式需根据具体情况判断，通常分为以下两种情形：

1. 原协议被判决部分或全部无效/撤销
   若新证据证明原协议存在法定无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通损害他人权益等），或符合可撤销条件（如重大误解、显失公平），法院会判决撤销或确认无效。此时原协议自始无效，双方需恢复至协议签订前的状态，已履行的部分可能需返还或折价补偿。例如，若新证据显示一方在签订合同时隐瞒关键信息导致对方误解，法院可能撤销协议并要求返还财产。

2. 原协议被判决变更或终止
   若新证据仅影响协议部分条款的公平性或履行可能性（如情势变更导致继续履行显失公平），法院可能根据《民法典》第533条调整合同内容（如变更价款、履行期限等），或判决终止协议并明确双方权利义务。例如，因政策调整导致合同无法履行，法院可能判决解除合同并划分责任。

补充说明：

• 程序影响：若一方以新证据申请再审或上诉，法院会审查新证据与案件的关联性及是否足以推翻原判决。若符合条件，可能改判或发回重审，此时原协议的效力会随新判决调整。
  
• 执行阶段：若判决已生效并进入执行程序，发现新证据的，可通过执行异议或再审程序主张权利，原协议的执行可能被中止或撤销。
  

建议：

• 收集并固定新证据（如书面材料、证人证言、鉴定意见等），确保其真实性、合法性和关联性；
  
• 尽快委托律师分析新证据对原协议的影响，制定诉讼策略（如申请再审、另行起诉等）；
  
• 若涉及财产返还或赔偿，注意诉讼时效（通常为3年，自知道权利受损之日起算）。
  

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会结合证据和法律条款为您详细分析。