结论：单位若想证明与劳动者之间是劳务关系而非劳动关系，尽管双方签订了劳务协议且没有考勤记录，但仍需从多个方面综合举证。以下是从不同角度对单位如何证明劳务关系的分析：

1. 劳务协议的内容与履行情况：

   • 协议内容：单位应详细审查劳务协议的内容，确保其中明确约定了双方为劳务关系，而非劳动关系。协议中应明确劳务的性质、内容、期限、报酬支付方式等关键条款，以体现劳务关系的特征。
   • 履行情况：单位需证明劳务协议的实际履行情况与协议内容相符。例如，按照协议约定的方式支付报酬，提供劳务的工作内容、时间等与协议一致。

2. 劳务关系的特征体现：

   • 独立性：劳务关系中，劳动者通常具有较高的独立性，不受单位规章制度的严格约束。单位可以举证证明劳动者在提供劳务过程中享有较大的自主权，如自行安排工作时间、地点等。
   • 一次性或临时性：劳务关系往往具有一次性或临时性的特点。单位可以举证证明与劳动者之间的合作是短期的、一次性的，或者针对特定项目、任务而建立的。
   • 报酬支付方式：劳务关系中，报酬通常按次、按项目或按工作量支付，而非按月固定支付。单位可以提供报酬支付记录，证明支付方式与劳务关系相符。

3. 缺乏劳动关系的典型特征：

   • 无考勤记录：虽然单位没有考勤记录，但这并不足以直接证明是劳务关系。然而，单位可以结合其他证据，如劳动者的工作时间安排、工作成果提交方式等，来证明劳动者不受单位考勤制度的约束。
   • 无社会保险缴纳：劳动关系中，单位通常需要为劳动者缴纳社会保险。单位可以举证证明没有为劳动者缴纳社会保险，但这需谨慎处理，因为未缴纳社会保险可能涉及违法问题，且不能单独作为证明劳务关系的依据。
   • 无劳动管理：劳务关系中，单位通常不对劳动者进行严格的劳动管理。单位可以举证证明没有对劳动者进行工作安排、监督、考核等劳动管理行为。

4. 其他辅助证据：

   • 工作成果或服务记录：单位可以保留劳动者提供的工作成果或服务记录，如报告、设计图、维修记录等，以证明劳动者实际提供了劳务。
   • 沟通记录：单位与劳动者之间的沟通记录，如邮件、短信、微信等，也可以作为证明劳务关系的辅助证据。这些记录应能反映双方的合作方式、内容等。

法律建议：

• 单位在证明劳务关系时，应注重收集、整理相关证据，确保证据的充分性、关联性和合法性。
• 鉴于劳动关系与劳务关系在法律上的不同后果，单位在签订协议时应明确约定关系性质，并在实际履行过程中保持一致。
• 若单位与劳动者之间对关系性质存在争议，建议及时咨询专业律师，以便通过法律途径妥善解决纠纷。

可能法律后果：

• 若单位无法充分证明与劳动者之间是劳务关系，而劳动者主张存在劳动关系，则单位可能面临支付未签劳动合同双倍工资、补缴社会保险、支付经济补偿金等法律责任。
• 因此，单位在处理此类问题时，应谨慎行事，确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。