如果发现用人单位普遍存在违法行为，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
收集证据：
- 劳动者应首先收集能够证明用人单位违法行为的证据，如工资条、考勤记录、工作证、劳动合同、工作邮件、聊天记录等。这些证据将有助于在后续的法律程序中证明用人单位的违法行为。
与用人单位协商：
- 在收集到足够证据后，劳动者可以尝试与用人单位进行协商，要求用人单位纠正违法行为并支付应得的权益，如加班费、未签劳动合同的双倍工资等。协商过程中，劳动者应保持冷静，明确表达自己的诉求，并保留好协商记录。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并依法给予行政处罚。投诉时，劳动者应提供详细的违法事实和证据，以便劳动监察部门能够迅速介入处理。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的处理未能满足劳动者的诉求，或者用人单位拒绝履行劳动监察部门的处理决定，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，其裁决具有法律效力。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及身份证明等文件。
提起诉讼：
- 如果劳动者对劳动仲裁裁决不服，或者用人单位拒绝履行劳动仲裁裁决，劳动者可以向人民法院提起诉讼。诉讼是维护劳动者权益的最后一道防线，通过司法程序来裁决争议，确保劳动者的合法权益得到保障。
在采取上述措施时，劳动者需要注意以下几点：
- 时效性：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者在发现用人单位违法行为后，应及时采取行动，以免错过仲裁时效。
- 专业性：劳动法律关系复杂，涉及多个法律法规和司法解释。劳动者在维护自己权益的过程中，可能会遇到各种法律问题。因此，建议劳动者在必要时寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
- 合法性：劳动者在维护自己权益的过程中，应遵守法律法规的规定，不得采取过激行为或违法手段。否则，不仅可能无法维护自己的权益，还可能面临法律责任。
若用人单位违法行为涉及多个劳动者或情节严重，劳动者还可以考虑联合其他受害者共同维权，或者向相关部门举报用人单位的违法行为，以形成更大的社会压力，促使用人单位纠正违法行为。
最后，建议劳动者在遇到用人单位违法行为时，保持冷静、理性应对，及时收集证据并寻求专业帮助，以确保自己的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。