核心结论：在强奸未成年人案件中，即使对方愿意撤案，案件也不一定会被撤销，需分情况讨论。

1. 刑事案件的公诉性质
   强奸罪属于公诉案件，根据《刑事诉讼法》规定，公诉案件由公安机关立案侦查、检察机关审查起诉，最终由法院审判。被害人及其家属的撤案意愿，并不能直接决定案件是否撤销。检察机关作为国家公诉机关，会独立审查案件证据和法律适用，若认为犯罪事实清楚、证据充分，即使被害人同意撤案，仍可能依法提起公诉。

2. 被害人撤案意愿的影响
   虽然被害人撤案不能直接导致案件撤销，但其意愿可能影响案件处理方式：

   • 刑事和解：若犯罪嫌疑人真诚悔罪、赔偿损失并取得被害人谅解，检察机关可能根据《刑事诉讼法》第288条，对符合条件的案件（如犯罪情节轻微）作出不起诉决定，或建议法院从宽处理。
     
   • 证据审查：若被害人撤案导致关键证据缺失（如被害人陈述反复、拒绝配合取证），可能影响案件定罪，但检察机关仍会通过其他证据（如物证、证人证言、监控录像等）综合判断。

3. 未成年被害人的特殊保护
   根据《未成年人保护法》及司法解释，涉及未成年人的性侵案件会受到更严格的审查：

   • 检察机关可能启动“一站式”询问机制，减少对被害人的二次伤害；
     
   • 即使被害人或其监护人表示谅解，检察机关仍会重点审查犯罪嫌疑人是否利用未成年人缺乏性防卫能力、是否造成严重后果等因素，依法从严处理。

4. 建议行动方向

   • 对犯罪嫌疑人方：若希望争取从宽处理，应积极配合调查、认罪认罚、赔偿损失并取得被害人谅解，同时委托律师与检察机关沟通，提交法律意见书。
     
   • 对被害方：若担心案件处理不当，可向检察机关申请法律援助或委托律师介入，确保被害人权益得到充分保护（如心理干预、赔偿请求等）。
     

总结：强奸未成年人案件的撤案需以法律为准绳，被害人意愿仅是参考因素之一。建议双方均委托专业律师介入，通过合法途径争取权益最大化。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。