在交通事故责任认定调查时，车主确实可以提出异议。这是法律赋予当事人的重要权利，旨在确保责任认定的公正性和准确性。以下从多个角度为您详细解析：

一、提出异议的法律依据

根据《道路交通事故处理程序规定》第七十一条，当事人对道路交通事故认定或者出具道路交通事故证明有异议的，可以自道路交通事故认定书或者道路交通事故证明送达之日起三日内提出书面复核申请。这一规定明确了车主在收到责任认定书后，有权在法定期限内提出异议。

二、提出异议的情形

车主在以下情况下可以提出异议：

1. 认定事实不清：如事故现场勘查不细致，导致事故发生的时间、地点、车辆行驶轨迹等关键事实认定错误。
2. 证据不确实充分：例如，现场证人证言矛盾未经核实，或关键监控视频画面不清晰、不完整，无法准确反映事故真实过程。
3. 适用法律错误：在判断事故责任时，错误引用交通法规条款，导致责任划分不合理。
4. 责任划分不公正：双方都有过错的事故中，对过错程度的衡量不准确，使一方承担的责任过重或过轻。

三、提出异议的方法与时间限制

• 方法：车主需以书面形式向作出道路交通事故认定的公安机关交通管理部门的上一级公安机关交通管理部门提出复核申请。复核申请应载明复核请求、理由及主要证据。
• 时间限制：自道路交通事故认定书送达之日起三日内提出。逾期提交复核申请的，除特殊法定事由外，一般不予受理。

四、复核申请的处理流程与结果

1. 受理与审查：上一级公安机关交通管理部门收到复核申请后，将进行受理与审查。
2. 处理结果：
   • 维持原认定：若原道路交通事故认定事实清楚、证据确实充分、适用法律正确、责任划分公正、程序合法，将作出维持原认定的复核结论。
   • 责令重新调查、认定：若原认定存在事实不清、证据不确实充分、适用法律错误、责任划分不公正或违反法定程序等情形，可责令原办案单位重新调查、认定，并撤销原道路交通事故认定书。

五、其他救济途径

除了通过复核程序外，车主还有以下救济途径：

1. 诉讼举证：在民事诉讼中，车主可以针对责任认定书提出反证，如提供现场监控视频、行车记录仪等视听资料，出示目击证人证言及联系方式，提交车辆技术鉴定报告等专业意见，以证明原责任认定所依据的事实不清、划分不公。
2. 向检察机关反映：车主还可向同级或上级检察机关反映情况，检察机关可对公安机关交通管理部门的交通事故认定活动进行法律监督。若发现违法违规行为，检察机关可依法提出检察建议或纠正违法通知书，督促依法处理。

六、建议与注意事项

1. 及时行动：车主在收到责任认定书后，应尽快核对时间，确保在法定期限内提出复核申请。
2. 准备充分：在提出异议时，车主应准备充分的证据和理由，以支持自己的复核请求。
3. 保持冷静：在整个过程中，车主应保持冷静和理性，通过合法途径表达自己的观点和诉求。

综上所述，车主在交通事故责任认定调查时确实可以提出异议，并应通过合法途径维护自己的合法权益。如果您在处理交通事故纠纷时遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。