结论：针对您描述的情况，新股东支付了老股东对价，但款项付给了老股东的父亲，现在老股东不承认，这确实是一个涉及股权转让和款项支付确认的法律问题。以下是从不同角度为您进行的分析和建议。
一、法律关系分析
股权转让合同关系：
- 新股东与老股东之间应存在一份股权转让合同，该合同是双方权利义务的基础。合同中应明确约定股权转让的对价、支付方式、支付时间等关键条款。
- 如果合同中明确规定了款项应支付给老股东本人，而新股东却支付给了老股东的父亲，这可能构成对合同条款的违反。
款项支付与确认：
- 款项的支付是股权转让合同履行的重要环节。新股东需要证明已经按照合同约定或双方协商的方式支付了款项。
- 如果老股东不承认收到款项，新股东需要提供支付凭证，如银行转账记录、收据等，以证明款项已经支付。
- 款项支付给老股东的父亲，这一行为本身并不直接构成对老股东的支付，除非有证据表明老股东授权其父亲代收款项，或者事后老股东对这一支付行为进行了追认。
二、可能面临的法律后果
如果新股东能证明款项已支付：
- 如果新股东能够提供充分的证据证明款项已经支付给老股东或其授权的代收人（如老股东的父亲，且有相关授权证明），那么老股东的否认将不构成有效抗辩，新股东的支付义务将被视为已履行。
- 在此情况下，如果老股东仍然拒绝承认或配合办理股权变更登记等手续，新股东可以依据股权转让合同向法院提起诉讼，要求老股东履行合同义务或承担违约责任。
如果新股东不能证明款项已支付：
- 如果新股东无法提供充分的证据证明款项已经支付，或者提供的证据不足以证明支付给老股东或其授权的代收人，那么老股东的否认将可能构成有效抗辩。
- 在此情况下，新股东可能需要重新支付款项给老股东，或者与老股东协商解决纠纷。如果协商不成，新股东可能面临无法取得股权或承担违约责任的风险。
三、建议与措施
收集证据：
- 新股东应尽快收集所有与款项支付相关的证据，包括银行转账记录、收据、聊天记录、授权书等，以证明款项已经支付给老股东或其授权的代收人。
与老股东协商：
- 在收集到足够证据后，新股东可以尝试与老股东进行协商，解释款项支付的情况，并要求老股东承认收到款项或配合办理股权变更登记等手续。
寻求法律救济：
- 如果协商不成，新股东可以依据股权转让合同向法院提起诉讼，要求老股东履行合同义务或承担违约责任。在诉讼过程中，新股东需要充分展示证据，以证明自己的主张。
预防未来风险：
- 在未来的股权转让交易中，新股东应更加谨慎地处理款项支付问题。建议明确约定支付方式、支付对象等关键条款，并在支付时要求收款人提供有效的收款凭证或确认函。
四、特殊情况考虑
- 如果老股东的父亲确实代收了款项，但老股东事后否认，且没有书面授权或其他充分证据证明代收行为的有效性，那么新股东可能面临一定的法律风险。在这种情况下，新股东可能需要通过法律途径来确认代收行为的效力或追究老股东的责任。
最后，股权转让和款项支付是复杂的法律问题，涉及多方面的法律关系和利益平衡。如果您在处理此类问题时遇到困难或不确定如何操作，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。