可以申请国家赔偿。针对县区政府违法对农民企业实施爆破强拆并造成巨大损失的情况，以下是从不同角度的详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，国家机关和国家机关工作人员行使职权，有本法规定的侵犯公民、法人和其他组织合法权益的情形，造成损害的，受害人有依照本法取得国家赔偿的权利。具体到本案，县区政府作为行政机关，其违法实施爆破强拆的行为，若侵犯了农民企业的合法权益并造成了损害，农民企业有权依法申请国家赔偿。

二、申请国家赔偿的条件

1. 违法行为的存在：县区政府实施爆破强拆的行为必须被确认为违法。这通常需要通过行政复议、行政诉讼等法律程序来确认。
2. 合法权益受到侵害：农民企业必须证明其合法权益（如财产权、经营权等）因县区政府的违法行为而受到了侵害。
3. 损害结果的发生：农民企业需要证明因县区政府的违法行为而遭受了实际损失，如房屋被毁、设备损坏、经营中断等。
4. 因果关系：农民企业需要证明其遭受的损失与县区政府的违法行为之间存在直接的因果关系。

三、申请国家赔偿的程序

1. 确认违法：首先，农民企业需要通过行政复议或行政诉讼等法律程序，确认县区政府实施爆破强拆的行为违法。
2. 提出赔偿申请：在确认违法后，农民企业可以向县区政府提出书面赔偿申请，要求赔偿因违法行为造成的损失。
3. 赔偿义务机关的处理：县区政府在收到赔偿申请后，应当在规定期限内作出赔偿决定。如果县区政府拒绝赔偿或未在规定期限内作出赔偿决定，农民企业可以依法向上一级行政机关申请复议，或者向人民法院提起诉讼。
4. 法院审理与判决：如果农民企业选择向人民法院提起诉讼，法院将依法审理案件，并根据事实和法律作出判决。如果判决支持农民企业的赔偿请求，县区政府应当履行判决义务，支付赔偿金。

四、注意事项

1. 及时申请：农民企业应当在知道或应当知道其合法权益受到侵害之日起两年内，向赔偿义务机关提出赔偿申请。逾期申请的，可能面临不予受理的风险。
2. 保留证据：农民企业应当妥善保留与损失相关的证据，如房屋照片、设备清单、经营记录等，以便在申请赔偿时提供证明。
3. 寻求专业帮助：由于国家赔偿申请涉及复杂的法律程序和专业知识，农民企业可以寻求专业律师的帮助，以提高申请的成功率和效率。

总结来说，县区政府违法对农民企业实施爆破强拆并造成巨大损失的情况下，农民企业有权依法申请国家赔偿。在申请过程中，农民企业需要确认违法、提出赔偿申请、遵循赔偿程序，并注意及时申请、保留证据和寻求专业帮助等事项。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。