在医疗纠纷的二审程序中，若原告选择撤诉，处理方式主要取决于撤诉的时间节点及法院的审查结果，具体如下：

1. 二审立案前或审理初期撤诉
   若原告在二审法院正式立案前或案件进入实质审理阶段前申请撤诉，法院通常会依据《民事诉讼法》第148条审查撤诉是否出于自愿。若审查通过，法院会裁定准许撤诉，一审判决随即生效（若一审已判决）。此时，原告若对结果不满，需通过申请再审或抗诉等程序寻求救济，而非直接上诉。

2. 二审审理过程中撤诉
   若案件已进入二审审理阶段，原告申请撤诉，法院会重点审查撤诉是否损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益。若不存在此类情形，法院会裁定准许撤诉，一审判决生效。但需注意，若一审判决存在重大错误（如事实认定不清、法律适用错误），原告撤诉后可能丧失通过二审纠正的机会，后续救济难度增加。

3. 撤诉后的法律后果

   • 一审判决效力：撤诉被准许后，一审判决自动生效，成为终审判决，双方需按判决内容履行义务。
     
   • 再审限制：原告撤诉后，若想推翻一审判决，需符合《民事诉讼法》第207条规定的再审条件（如新证据、程序违法等），且需在判决生效后6个月内提出申请。
     
   • 诉讼费用承担：撤诉案件的诉讼费用通常由原告负担，但法院可能根据具体情况酌情减免部分费用。

4. 特殊情形：恶意撤诉
   若法院发现原告撤诉系为规避法律责任或损害他人权益（如通过撤诉拖延时间、转移财产等），可能裁定不准许撤诉，并继续审理案件。此时，二审程序将正常推进，最终作出终审判决。

建议：若您作为原告在二审中考虑撤诉，务必谨慎评估撤诉的后果，尤其是对一审判决的接受程度及后续救济的可能性。如有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您分析撤诉的利弊及替代方案。