当案件超过诉讼时效时，法院的处理方式是一个涉及法律程序与实体权利的重要问题，下面我将为您详细解析：

一、立案受理阶段

首先，需要明确的是，法院在立案受理阶段并不会主动审查案件是否超过诉讼时效。只要您的起诉符合《中华人民共和国民事诉讼法》规定的立案条件，比如有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等，法院就会依法受理您的案件。这一点是为了保障当事人的起诉权，确保法律程序的公正与开放。

二、审理阶段

进入审理阶段后，情况会有所不同。此时，如果被告提出诉讼时效抗辩，即认为您的诉讼请求已经超过了法律规定的诉讼时效期间，法院将会对此进行审查。

1. 若被告抗辩成立：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。如果法院经审理查明被告的抗辩事由成立，即您的诉讼请求确实超过了诉讼时效，那么法院会判决驳回您的诉讼请求。这意味着，您将无法通过法律手段强制要求被告履行义务。

2. 若存在特殊情况：

   • 然而，也存在一些特殊情形可能导致诉讼时效中断、中止或延长。比如，不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等原因导致不能行使请求权。如果您能够证明存在这些法定事由，诉讼时效可能并未届满，法院会继续审理案件，并根据事实和法律作出判决。

3. 若被告未提出抗辩：

   • 如果被告在诉讼中并未提出诉讼时效抗辩，那么法院不会主动适用诉讼时效的规定进行裁判。这意味着，即使案件实际上已经超过了诉讼时效，但如果被告没有提出抗辩，法院仍然会根据案件事实和证据作出判决，您仍有可能获得法律上的支持。

三、上诉阶段

如果在一审期间被告未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出，人民法院一般不予支持。但也有例外情况，比如基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形。如果二审时发现新证据可以证明对方的请求权已过诉讼时效，法院会对该证据进行审查，若属实则可能支持抗辩。

四、特殊情况处理

除了上述情况外，还有一些特殊情形需要关注。比如，如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，法院可能会根据这些约定或规定来处理案件。另外，如果当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。

总结与建议

在处理超过诉讼时效的案件时，法院会严格依法进行审查和处理，确保法律的公正性和权威性。因此，作为当事人，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。同时，也应注意是否存在特殊情况或约定，以便更好地维护自己的合法权益。如果您对诉讼时效问题存在疑虑或不确定，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。