当遇到超过仲裁时效的情况时，法院的处理方式会根据案件类型和具体情况有所不同，但都会遵循相关法律法规进行综合判断并作出相应裁决。以下是对这一问题的详细解答：
一、劳动争议案件的处理
对于劳动争议案件，由于其特殊性，通常需要先经过仲裁前置程序，对仲裁结果不服才能向法院起诉。在处理超过仲裁时效的劳动争议案件时，法院会分为受理阶段和审理阶段进行：
受理阶段：
- 根据相关法律规定，即使劳动争议仲裁机构以当事人的仲裁申请超过仲裁时效期间为由作出不予受理的书面裁决、决定或通知，当事人依法提起诉讼的，人民法院仍应予受理。这意味着，在立案阶段，法院一般不会主动审查仲裁时效问题，只要符合起诉的基本条件，就会受理案件。
审理阶段：
- 法院受理后，若另一方当事人以仲裁申请超过仲裁时效期间为由进行抗辩，且法院经审查属实的，会判决驳回原告的诉讼请求。
- 若对方当事人未提出仲裁时效抗辩，法院则不会主动对仲裁时效问题进行释明及适用仲裁时效的规定进行裁判。此时，法院会依法审理实体争议并作出裁决。
二、一般民商事仲裁案件的处理
对于一般的民商事纠纷，仲裁和诉讼是相互排斥的争议解决方式。若仲裁时效已过，当事人直接向法院起诉的，法院的处理方式如下：
受理阶段：
- 法院会按照正常的立案标准进行审查，符合起诉条件的会予以受理。此时，法院同样不会主动审查仲裁时效问题。
审理阶段：
- 在审理过程中，若被告以原告的请求已超过仲裁时效（在民商事领域，仲裁时效本质上也是一种特殊的诉讼时效）进行抗辩，法院会审查该抗辩理由是否成立。
- 若经审查认定仲裁时效期间已经届满，且不存在中止、中断等情形，法院会判决驳回原告的诉讼请求。
- 若被告未提出时效抗辩，法院同样不会主动适用仲裁时效的规定进行裁判，而是会依法审理实体争议。
三、仲裁时效的中止、中断与延长
值得注意的是，在有些情况下，即使超过了仲裁时效，但如果存在特定的中止、中断或延长事由，当事人的权利仍然可能得到保护。例如：
- 如果能提供证据证明在时效期间内曾向对方主张过权利，或者对方曾同意履行义务等，这些都可能导致时效的中断，使得时效期间重新起算。
- 若存在其他法定事由导致时效中止或延长的，如不可抗力等，当事人的权利也同样可能得到保护。
四、建议
- 及时行使权利：当事人在知道或应当知道其权利被侵害后，应尽快行使权利，避免超过仲裁时效。
- 保留证据：在时效期间内，当事人应保留好相关证据，如催款记录、协商记录等，以证明其曾主张过权利或存在其他时效中断、中止的情形。
- 咨询专业律师：如果面临超过仲裁时效的问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律意见和帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
综上所述，法院在处理超过仲裁时效的案件时，会根据案件类型、具体情况以及是否存在中止、中断或延长事由进行综合判断，并依法作出相应的裁决。