公司理行协议书（这里我理解为可能是公司经营相关协议书，比如合作协议、经营协议等，为便于说明以下均以经营协议书代称）部分条款在破产情形下是否有效，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 协议书内容本身合法有效且不违反破产法相关规定

   • 如果经营协议书中的条款是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，同时没有损害其他债权人的利益，那么即使公司进入破产程序，这些条款仍然是有效的。例如，协议书中约定的双方合作方式、利润分配方式等，只要符合法律规定，在破产时依然要按照协议约定来处理相关事务，相关权利义务关系不会因为公司破产而自动失效。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。在破产程序中，对于合法有效的合同，管理人一般应继续履行，除非存在法定解除事由。

2. 协议书存在可撤销或无效情形

   • 可撤销情形：如果公司在签订经营协议书时存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，导致对方在违背真实意思的情况下签订协议，那么在破产程序中，管理人有权依据《中华人民共和国企业破产法》第三十一条、第三十二条的规定，请求人民法院撤销该协议。例如，公司在濒临破产时，为了转移财产，以明显不合理的低价与他人签订经营协议书，损害了其他债权人的利益，管理人就可以申请撤销该协议，撤销后该协议自始无效。
   • 无效情形：如果经营协议书的内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该协议自始无效。比如，协议书中约定公司从事非法经营活动，这种协议无论公司是否破产，都是无效的。在破产程序中，对于无效的协议，管理人不需要履行，相关财产应按照法律规定进行处置。
   • 法律依据：《中华人民共和国企业破产法》第三十一条规定，人民法院受理破产申请前一年内，涉及债务人财产的下列行为，管理人有权请求人民法院予以撤销：（一）无偿转让财产的；（二）以明显不合理的价格进行交易的；（三）对没有财产担保的债务提供财产担保的；（四）对未到期的债务提前清偿的；（五）放弃债权的。第三十二条规定，人民法院受理破产申请前六个月内，债务人有本法第二条第一款规定的情形，仍对个别债权人进行清偿的，管理人有权请求人民法院予以撤销。但是，个别清偿使债务人财产受益的除外。

3. 协议书涉及破产企业特定财产处置且未经法定程序

   • 如果经营协议书涉及对公司特定财产的处置，比如转让公司的核心资产等，在公司进入破产程序后，这些财产属于破产财产，其处置需要按照破产法的规定进行，需要经过债权人会议的表决通过或者人民法院的裁定。如果协议书中的财产处置条款没有经过法定程序，那么该条款可能无效。例如，公司在破产前与他人签订协议，将公司的主要生产设备低价转让给对方，但没有经过债权人同意，在公司进入破产程序后，管理人可以认定该转让行为无效，收回相关财产纳入破产财产进行分配。

给你的建议：如果公司面临破产情况，且存在经营协议书相关问题，建议及时梳理协议书内容，评估各条款的合法性以及是否符合破产法规定。同时，要积极与管理人沟通，说明协议书相关情况，以便正确处理协议书涉及的债权债务关系。如果有其他相关方对协议书效力提出异议，也可以通过法律途径解决争议。

如果你在处理公司破产相关事务中，对经营协议书效力还有其他疑问，或者遇到其他具体的法律问题，都可以直接向我咨询。