结论：关于超过民间借贷利率15.4%（这里假设您指的是之前民间借贷利率司法保护上限为年利率15.4%的情形，现该标准已调整，但为解答您的问题，我们仍以此为例进行说明）但已支付的部分是否可以申请退还，这主要取决于多个因素，包括借款合同的具体条款、支付时间、以及是否违反了法律法规的强制性规定等。一般情况下，若已支付的利息未超过法定上限的合理部分，通常无法要求退还；但若超过了法定上限，则超出部分有可能被要求退还或冲抵本金。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规的强制性规定
利率上限的调整：
- 过去，民间借贷的利率司法保护上限曾设定为年利率15.4%（以一年期贷款市场报价利率LPR的4倍为标准计算得出，该标准随LPR调整而变动，此处15.4%为举例时的数值），但这一标准已随时间调整。目前，民间借贷利率的司法保护上限同样以一年期贷款市场报价利率（LPR）的4倍为标准。
- 如果借款时约定的利率超过了当时的司法保护上限，那么超出部分的利息可能不受法律保护。
法律后果：
- 对于已支付的超过法定上限的利息，借款人有可能通过法律途径要求出借人退还或冲抵本金。
- 但需要注意的是，如果借款人已经自愿支付了利息，且没有提出异议，之后又要求退还的，法院可能会根据具体情况判断是否支持其请求。
二、借款合同的具体条款
合同约定：
- 借款合同是双方约定权利义务的重要依据。如果合同中明确约定了利率，且该利率未超过法定上限，那么借款人应按照合同约定支付利息。
- 如果合同中约定的利率超过了法定上限，那么超出部分的约定可能无效。
合同履行情况：
- 如果借款人已经按照合同约定支付了利息，且没有提出异议，那么这可能被视为对合同条款的接受和履行。
- 但如果借款人发现利率超过法定上限后，及时提出了异议，并要求调整或退还超出部分的利息，那么其请求可能得到法院的支持。
三、支付时间与方式
支付时间：
- 如果借款人在支付利息后很快发现了利率问题，并及时提出了异议，那么其要求退还或调整利息的请求可能更容易得到支持。
- 如果借款人已经支付了较长时间的利息，且在此期间没有提出异议，那么法院可能会考虑其已经接受了该利率水平。
支付方式：
- 支付方式（如现金、转账等）本身通常不影响利息的合法性，但可能影响证据的收集和证明力。
- 如果借款人能够提供充分的证据证明已经支付了超过法定上限的利息，那么其要求退还或调整的请求可能更有说服力。
四、实际操作建议
收集证据：
- 借款人应收集与借款相关的所有证据，包括借款合同、支付凭证、通信记录等，以证明已经支付了超过法定上限的利息。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但针对您的情况，我作为王昭坤律师，可直接为您提供咨询）：
- 在处理此类问题时，建议借款人咨询专业律师，以了解具体的法律程序和可能的结果。
- 我作为专注于婚姻家庭、债权债务领域的律师，可以为您提供详细的法律分析和建议。
考虑和解或调解：
- 在某些情况下，通过和解或调解解决纠纷可能更为高效和经济。
- 借款人可以与出借人协商，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
总结来说，超过民间借贷利率司法保护上限但已支付的部分是否可以申请退还，取决于多个因素。如果您面临此类问题，建议收集相关证据并咨询专业律师（即我本人），以便更好地了解您的权利和义务，并制定合适的解决方案。