结论：关于自家的承包土地有矿时集体是否有权利收部分费用的问题，这主要取决于矿产资源的所有权归属以及当地的具体法律法规和政策。一般来说，如果矿产资源属于国家所有，集体通常无权直接收取费用，但可能根据地方政策参与一定的收益分配；如果矿产资源属于集体所有，集体则有权根据相关规定收取费用。
分析：
矿产资源所有权归属：
- 根据《中华人民共和国矿产资源法》第三条，矿产资源属于国家所有，由国务院行使国家对矿产资源的所有权。地表或者地下的矿产资源的国家所有权，不因其所依附的土地的所有权或者使用权的不同而改变。这意味着，在大多数情况下，矿产资源是归国家所有的。
- 然而，也存在一些特殊情况，如某些地区可能根据历史原因或地方性法规，将特定矿产资源的所有权赋予集体。这种情况下，集体对矿产资源拥有所有权，并有权根据相关规定进行处置和收益分配。
集体收费的权利：
- 如果矿产资源属于国家所有，集体通常无权直接收取开采费用或收益。但是，根据地方政策或国家与集体之间的协议，集体可能参与一定的收益分配，如通过土地补偿费、青苗补偿费等方式获得一定的经济补偿。
- 如果矿产资源属于集体所有，集体则有权根据相关规定收取开采费用或收益。这些规定可能包括地方性法规、集体内部的规章制度或与开采方签订的合同等。
地方政策与合同约定：
- 除了矿产资源所有权归属外，地方政策也是影响集体收费权利的重要因素。不同地区可能根据当地实际情况制定不同的政策，对矿产资源的开采、收益分配等进行规定。
- 此外，如果集体与开采方签订了相关合同，合同中的约定也将对双方的权利义务产生约束。因此，在判断集体是否有权收费时，还需要考虑合同的具体内容。
建议：
- 了解矿产资源所有权归属：首先，您需要了解自家承包土地下的矿产资源所有权归属情况。这可以通过查阅相关法律法规、咨询当地国土资源部门或律师等方式进行。
- 查阅地方政策：其次，您需要查阅当地关于矿产资源开采、收益分配等方面的政策规定。这些政策可能因地区而异，对集体的收费权利产生重要影响。
- 咨询专业律师：由于矿产资源法律问题涉及多个方面，且地方政策差异较大，因此建议您咨询专业律师以获取更具体、更准确的法律意见。我可以根据您的具体情况，结合相关法律法规和地方政策，为您提供全面的法律分析和建议。
后续行动：
- 如果您需要进一步了解矿产资源所有权归属、地方政策或合同约定等方面的信息，可以直接向我咨询。
- 如果您认为集体的收费行为存在不当或违法情况，也可以向我咨询如何维护自己的合法权益。