结论是：公司主体不合法，在符合一定条件下，仍可能需要赔偿员工2倍工资。以下从不同角度为你详细分析：

法律规定的适用前提

根据《劳动合同法》等相关法律规定，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这一规定主要着眼于规范用人单位与劳动者之间的劳动关系建立过程，保障劳动者的合法权益，其适用并不完全依赖于用人单位主体是否完全合法。

公司主体不合法但存在事实劳动关系的情况

1. 事实劳动关系的认定：即使公司主体不合法，比如未依法进行工商登记注册，但只要实际存在用工行为，劳动者为公司提供了劳动，公司接受了劳动并支付了报酬，双方就形成了事实劳动关系。例如，一些未经注册的小作坊，雇佣工人进行生产加工，工人按照作坊的要求工作，作坊支付工资，这就构成了事实劳动关系。
2. 二倍工资赔偿的适用：在这种情况下，如果公司未与劳动者签订书面劳动合同，且自用工之日起超过一个月不满一年，劳动者有权要求公司支付二倍工资。因为法律规定的目的是促使用人单位及时与劳动者签订书面合同，明确双方权利义务，无论用人单位主体是否合法，这一立法目的都应得到贯彻。

公司主体不合法且不存在合法用工关系的情况

1. 非法用工的界定：如果公司的经营活动本身属于非法行为，比如非法传销组织、非法赌博场所等，其所谓的“用工”行为并不受劳动法律法规的保护。这种情况下，劳动者与“公司”之间不存在合法的劳动关系。
2. 二倍工资赔偿的不适用：由于不存在合法的劳动关系，也就不适用《劳动合同法》中关于未签订书面劳动合同支付二倍工资的规定。不过，劳动者可以通过其他途径维护自己的权益，比如向相关部门举报非法用工行为，要求返还被克扣的工资等。

特殊情况说明

如果公司主体不合法是因为一些程序上的瑕疵，比如正在办理工商登记手续但尚未完成，而在此期间已经实际用工且未签订书面劳动合同，一般也倾向于认为需要支付二倍工资。因为程序瑕疵并不影响公司实际用工的事实，为了保护劳动者的权益，应适用相关法律规定。

给你的建议：如果你所在的公司主体不合法且未与你签订书面劳动合同，你可以先收集能够证明你与公司存在事实劳动关系的证据，如工作证、工资条、考勤记录等。然后，与公司协商要求支付二倍工资；如果协商不成，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。