迟到扣司机运费是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果司机与托运方（或货主）在运输合同中明确约定了迟到将扣除一定比例的运费作为违约金或赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不显失公平，那么这种扣除运费的行为是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，对双方具有法律约束力。

2. 法律法规角度：

   • 在没有合同约定或合同约定不明确的情况下，迟到扣运费的行为可能涉及违法。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，违约责任的承担应当与违约行为所造成的损失相当，且不得过分高于实际损失。如果托运方仅因司机迟到就扣除全部或大部分运费，而迟到并未给托运方造成实际损失或损失远小于扣除的运费，那么这种扣除行为可能构成违法，司机有权要求托运方返还多扣除的运费。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，迟到扣运费的情况往往比较复杂。有时迟到可能是由于不可抗力因素（如交通拥堵、恶劣天气等）导致的，这种情况下司机可能不应承担全部责任。另外，即使司机存在迟到行为，托运方也应根据实际情况合理确定扣除的运费金额，避免过度扣除。

法律建议：

• 对于司机而言，在签订运输合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于违约责任和运费扣除的约定。如果认为合同条款不公平或不合理，可以与托运方协商修改或拒绝签订。
• 在运输过程中，司机应尽量遵守约定的时间，如因特殊情况无法按时到达，应及时与托运方沟通并说明原因，争取得到托运方的理解和支持。
• 如果托运方无故扣除运费或扣除金额不合理，司机可以保留相关证据（如运输合同、沟通记录等），并通过法律途径维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果托运方违法扣除运费，司机有权要求托运方返还多扣除的运费，并可能要求托运方承担因此造成的其他损失（如诉讼费用、律师费用等）。
• 如果司机因迟到给托运方造成了实际损失，且合同中有明确约定，那么司机可能需要承担相应的赔偿责任。但赔偿金额应与实际损失相当，不得过分高于。

总之，迟到扣司机运费是否合法需根据具体情况来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。