结论前置：公交公司对迟到司机罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公交公司罚款有明确的规章制度依据，且规章制度制定程序合法、内容合理，则罚款行为合法
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、奖惩制度）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。若公交公司的罚款制度满足上述程序要求，且罚款金额未超过当地规定的比例（如《工资支付暂行规定》第十六条规定的“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%”），则罚款行为具有合法性。例如，公司规定迟到一次罚款50元，且该制度经民主程序制定并公示，司机月工资为5000元，罚款未超过1000元（20%），则合法。

2. 若公交公司罚款无制度依据，或制度制定程序违法、内容不合理，则罚款行为违法
   若公司未制定相关规章制度，或制度未经民主程序制定、未公示，或罚款金额明显过高（如超过月工资20%），则罚款行为缺乏合法性。例如，公司临时决定对迟到司机罚款500元，且未通过任何民主程序，或司机月工资仅3000元，罚款500元超过600元（20%），均属违法。此外，若罚款以“罚款”名义变相克扣工资，而实际未满足“因劳动者原因造成经济损失”的前提条件（如司机迟到未导致公司实际损失），亦属违法。

补充说明：实践中，公交公司对司机的管理更多依赖行政手段（如扣分、绩效调整）而非罚款，因罚款需严格满足法律程序。若司机对罚款有异议，可要求公司出示制度依据及制定程序证明，或向劳动监察部门投诉。如有进一步疑问，可直接向我咨询。