结论：基本农田上的药材被毁，是否要走司法程序取决于具体情况，包括损失程度、责任归属以及双方协商情况等。以下从多个角度进行分析：
一、法律背景与责任归属
基本农田保护：
- 基本农田是受到严格保护的耕地，任何单位和个人不得擅自改变其用途或进行破坏。根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，破坏基本农田的行为是违法的，并可能面临法律责任。
责任归属：
- 如果药材被毁是由于他人的故意或过失行为导致的，那么毁损者应当承担相应的法律责任。这可能包括民事赔偿责任，甚至可能涉及刑事责任（如故意毁坏财物罪）。
二、是否要走司法程序
协商解决：
- 在损失程度较轻，且责任归属明确的情况下，双方可以尝试通过协商来解决纠纷。协商解决具有效率高、成本低等优点，是解决此类纠纷的首选方式。
司法程序：
- 如果协商无果，或者损失程度严重，责任归属存在争议，那么走司法程序可能是必要的。通过司法程序，可以明确责任归属，确定赔偿金额，并保障受害方的合法权益。
- 具体来说，你可以向当地人民法院提起民事诉讼，要求毁损者承担民事赔偿责任。如果毁损行为涉嫌犯罪，你还可以向公安机关报案，要求追究毁损者的刑事责任。
三、司法程序中的注意事项
证据收集：
- 在走司法程序之前，务必收集好相关证据，包括现场照片、视频、证人证言等，以证明药材被毁的事实以及毁损者的责任。
法律程序：
- 了解并遵循法律程序，包括起诉、答辩、举证、质证、辩论等环节。如果你不熟悉法律程序，可以寻求专业律师的帮助。
赔偿计算：
- 在民事诉讼中，赔偿金额的计算是一个重要环节。你需要根据药材的实际价值、损失程度以及毁损者的过错程度等因素来合理确定赔偿金额。
四、建议与行动
评估损失：
- 首先评估药材被毁的损失程度，包括直接经济损失和间接经济损失（如预期收益等）。
尝试协商：
- 在了解责任归属和损失程度后，尝试与毁损者进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果或损失严重，建议寻求专业律师的帮助，了解具体的法律程序和赔偿计算方式，并准备走司法程序。
最后，基本农田上的药材被毁是一个复杂的问题，需要综合考虑多种因素来决定是否要走司法程序。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。