结论：村干部收取不明来源款项几千元并自首，是否会被判刑需结合具体案情判断，但自首是法定从轻或减轻情节。以下从法律定性、量刑情节、可能后果三个角度展开分析：
一、法律定性：是否构成犯罪需看款项性质
根据《刑法》第三百八十五条（受贿罪）及第三百八十二条（贪污罪），村干部作为基层组织人员，若利用职务便利收取不明款项，可能涉及以下罪名：
- 受贿罪：若款项属于“权钱交易”（如为他人谋取利益而收受财物），且数额达到3万元以上（根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第一条），则构成受贿罪。但本案中金额仅几千元，未达刑事立案标准，一般不构成犯罪。
- 职务侵占罪：若款项属于村集体财产（如挪用公款、侵占集体资产），根据《刑法》第二百七十一条，数额较大（6万元以上）才构成犯罪。几千元同样未达标准。
- 其他可能性：若款项涉及诈骗、敲诈勒索等非职务行为，则按对应罪名处理，但需具体证据支持。
关键点：若款项性质无法查清，或属于“人情往来”等非犯罪情形，则可能不构成犯罪。
二、自首的效力：法定从轻或减轻情节
根据《刑法》第六十七条，自首需同时满足两个条件：
- 自动投案：主动向司法机关或所在单位、基层组织等投案；
- 如实供述：交代主要犯罪事实。
法律后果：
- 若构成犯罪，自首可“从轻或减轻处罚”；
- 即使不构成犯罪，自首也可能影响行政处罚（如纪律处分）的轻重。
三、可能后果：分情况讨论
不构成犯罪的情形：
- 若款项性质合法（如误收、暂存），或金额未达刑事标准，可能仅受行政处分（如警告、记过）或党内处分；
- 若涉及违纪，根据《中国共产党纪律处分条例》第一百一十一条，可能给予警告至开除党籍处分。
构成犯罪的情形（虽本案金额较低，但假设存在其他情节）：
- 受贿罪：3万元以下一般不追究刑事责任，但若存在“多次受贿”“索贿”等情节，可能例外；
- 职务侵占罪：6万元以下不构成犯罪，但若涉及其他违法行为（如伪造文件），可能数罪并罚；
- 量刑参考：若最终定罪，自首可减少基准刑的30%以下（根据《量刑指导意见》）。
四、实务建议
- 立即退还款项：无论是否构成犯罪，退还赃款可进一步证明主观恶性低；
- 配合调查：如实说明款项来源、用途，避免被认定为“隐瞒事实”；
- 咨询律师：若被立案侦查，及时委托律师介入，争取取保候审或缓刑。
总结：村干部收取几千元不明款项并自首，是否判刑取决于款项性质和金额是否达刑事标准。自首是重要从轻情节，但需结合具体案情判断。如有进一步细节，可直接向我咨询，我会结合证据为您分析风险。