一般情况下，首长被查，秘书是否能脱得了干系，并不能一概而论，这取决于秘书是否参与了首长的违法违纪行为，以及参与的程度和性质。以下从几个不同角度进行分析：
秘书未参与违法违纪行为：
- 如果秘书在工作中严格遵守法律法规，没有参与首长的任何违法违纪活动，那么当首长被查时，秘书通常不会受到牵连。秘书的职责是协助首长工作，提供行政支持，而非参与决策或执行违法活动。
秘书参与了违法违纪行为，但情节较轻：
- 如果秘书在不知情或被迫的情况下，参与了首长的一些轻微违法违纪行为，如协助首长处理一些违规文件或事务，但并未从中获利或未意识到行为的违法性，那么秘书可能会受到一定的纪律处分或行政处罚，但不一定构成犯罪。这种情况下，秘书的脱干系程度取决于其参与行为的性质、情节以及是否主动配合调查等因素。
秘书深度参与违法违纪行为，且情节严重：
- 如果秘书深度参与了首长的违法违纪行为，如共同贪污、受贿、滥用职权等，并且从中获利或明知行为违法仍积极参与，那么秘书将构成共同犯罪，与首长一同承担法律责任。在这种情况下，秘书很难脱得了干系，将面临刑事指控和相应的刑罚。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。如果秘书与首长共同实施了违法犯罪行为，那么秘书将作为共犯被追究刑事责任。
- 法律建议：
- 对于秘书而言，应严格遵守法律法规，不参与任何违法违纪活动，保持职业操守和道德底线。
- 如果发现首长有违法违纪行为，应及时向相关部门报告，避免被牵连其中。
- 在面对调查时，应积极配合，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。
可能的法律后果：
- 如果秘书未参与违法违纪行为，通常不会受到法律追究。
- 如果秘书参与了违法违纪行为，但情节较轻，可能会受到纪律处分或行政处罚。
- 如果秘书深度参与违法违纪行为，且情节严重，将构成共同犯罪，面临刑事指控和相应的刑罚。
综上所述，首长被查时，秘书是否能脱得了干系取决于其是否参与了违法违纪行为以及参与的程度和性质。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。