军队高级干部在被查期间，一般不会与普通犯人关在一起。这主要基于以下几个方面的考虑：

1. 安全与管理需要：

   • 军队高级干部的身份特殊，他们可能掌握着重要的军事机密或国家安全信息。为了防止信息泄露或发生其他安全事件，通常会采取更为严格的隔离措施，确保他们与其他在押人员分开。
   • 从管理角度来看，军队高级干部与其他普通犯人在身份、地位、行为习惯等方面可能存在较大差异。将他们分开管理，有助于维护看守所或监狱的秩序和稳定。

2. 法律程序与规定：

   • 根据我国相关法律和规定，对于涉及国家安全、军事机密等特殊案件的犯罪嫌疑人或被告人，通常会采取特殊的羁押措施。这些措施可能包括单独羁押、限制通信等，以确保案件的顺利侦查和审判。
   • 军队系统有其自身的纪律和规定，对于军队高级干部的处理，可能会遵循更为严格的程序和标准。这包括羁押场所的选择、管理方式的确定等。

3. 实际执行情况：

   • 在实际操作中，军队高级干部被查后，通常会被移送至专门的军事羁押场所或符合特定安全标准的看守所进行羁押。这些场所往往具备更高的安全防范措施和管理水平，能够确保在押人员的安全。
   • 即使军队高级干部被羁押在普通看守所或监狱中，他们也通常会被安排在单独的监室或区域，与其他在押人员保持一定的距离。

法律建议：

• 如果您或您身边的人涉及此类情况，建议积极配合相关部门的调查和处理工作，同时寻求专业法律帮助，以确保自身权益得到妥善保护。
• 在任何情况下，都应尊重法律程序和规定，不得干扰或阻碍案件的侦查和审判工作。

可能的法律后果：

• 如果军队高级干部在羁押期间违反相关规定或法律，可能会面临更为严重的法律后果。这包括但不限于延长羁押期限、加重刑罚等。
• 因此，对于被查的军队高级干部来说，遵守法律和规定、积极配合调查是至关重要的。