结论：在一般情况下，公司按流程正常辞职却扣除绩效工资是不合法的，但特定情况下，如劳动合同或规章制度有明确约定，或员工存在违规行为，公司可能有权扣除部分绩效工资。以下从不同角度为你详细分析：

一、不合法的情况

1. 无明确约定或规定
   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。绩效工资作为工资的组成部分，同样受到法律保护。同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条第一款规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 举例说明：小李按公司规定提前30天提交离职申请并完成所有手续，公司规章制度和劳动合同中均未提及离职时可扣除绩效工资，但公司无故扣除其绩效工资，此情况公司做法不合法。
2. 绩效考核达标且完成工作任务
   • 法律背景：员工离职前已完成工作任务并达到绩效要求，公司应支付绩效工资，不能无故扣除。这是基于劳动法保障劳动者获取劳动报酬权利的原则。
   • 举例说明：小张离职前销售业绩达标，工作顺利完成，但公司却扣除其绩效工资，此行为不合理且不合法。

二、可能合法的情况

1. 有明确约定或规定
   • 法律背景：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了在某些特定情形下，员工正常离职时公司可以扣除绩效工资，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定执行是合法的。例如，公司规章制度经过民主程序制定，且已向员工公示或告知，员工入职时已知晓并同意该规定。
   • 举例说明：某公司规章制度中规定，员工离职时若未能完成正在进行的重要项目且对公司业绩有重大影响，公司有权扣除部分绩效工资。员工入职时已知晓并同意该规定，那么在符合规定情形时，公司扣除绩效工资是合法的。
2. 员工存在违反公司规定的行为
   • 法律背景：如果员工在离职前存在违反公司规章制度、工作纪律等行为，对公司造成了损失，公司根据相关规定和损失情况，扣除部分绩效工资作为处罚是合法的。不过，这种扣款必须有充分的证据支持，且扣款金额应合理。
   • 举例说明：小王离职前故意泄露公司商业机密，给公司带来经济损失，公司根据规章制度和相关法律规定扣除其部分绩效工资，此做法合法。

三、劳动者权益保护途径

1. 向劳动行政部门投诉：如果用人单位存在克扣绩效工资的行为，劳动者可以向劳动行政部门投诉，要求其调查处理并纠正违法行为，同时支付被克扣的工资及相应的赔偿金。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬；逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50％以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
2. 劳动仲裁：劳动者也可以通过劳动仲裁的方式维护自己的合法权益。在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据（如劳动合同、绩效工资计算依据、完成工作任务的证明等）以证明用人单位存在克扣绩效工资的行为。劳动仲裁机构会根据法律规定和证据情况作出公正裁决。

四、建议

1. 了解公司制度与合同：员工在入职前应仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解绩效工资的发放条件、考核方式以及离职时绩效工资的处理方式等内容。
2. 保留相关证据：员工应保留好与工作表现、业绩相关的证据材料，如工作成果、考核记录等，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
3. 协商解决争议：如果员工对公司的扣款行为有异议，应及时与公司沟通协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，要保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和依据。
4. 依法维权：如果协商无果，员工要果断采取法律途径维护自己的合法权益，如向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。

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