结论：在起诉时约定的违约金少于法院最终判定的违约金的情况下，诉讼费通常不会因违约金数额的增加而退还一部分。不过，具体是否退还及退还多少，还需根据案件具体情况和法院的最终裁决来确定。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、诉讼费的基本原则
诉讼费，即当事人进行民事诉讼依法应当向人民法院交纳的费用，其收取通常遵循“不告不理”和“按诉请金额收费”的原则。这意味着，诉讼费的多少往往与原告在起诉时提出的诉讼请求金额密切相关。在合同纠纷中，如果原告起诉时主张的违约金数额较少，那么按照这一原则，其需要预交的诉讼费也会相对较少。
二、违约金调整与诉讼费的关系
法院对违约金的调整权：
- 在合同纠纷中，如果双方约定的违约金过高或过低，法院有权根据当事人的请求和案件的具体情况，对违约金数额进行调整。这是为了保障合同的公平性和诚实信用原则，防止一方利用违约金条款获取不正当利益。
诉讼费是否因违约金调整而退还：
- 一般原则：诉讼费一旦收取，通常不会因为后续法院对违约金数额的调整而退还。因为诉讼费的收取是基于原告起诉时的诉讼请求金额，而法院的调整是在审理过程中根据案件实际情况作出的，两者并不直接相关。
- 特殊情况：然而，也存在一些特殊情况。例如，如果原告在起诉时因对法律理解不足或计算错误，导致主张的违约金数额远低于实际应得的数额，且这一错误在后续审理过程中被法院发现并纠正，那么法院可能会根据实际情况，对诉讼费进行一定的调整或退还。但这种情况相对较少，且需要满足一定的条件。
三、实际操作中的建议
准确计算违约金：
- 在起诉前，原告应仔细审查合同条款，准确计算应得的违约金数额，以避免因计算错误而导致诉讼费的不必要损失。
及时申请调整：
- 如果在审理过程中发现约定的违约金过低，原告应及时向法院提出调整申请，并提供相关证据支持自己的主张。
关注法院裁决：
- 无论诉讼费是否退还，原告都应密切关注法院的裁决结果，并根据裁决结果采取相应的法律措施，以维护自己的合法权益。
四、法律背景与依据
- 《诉讼费用交纳办法》：该办法规定了诉讼费用的交纳范围、交纳标准以及退还等事项，是处理诉讼费问题的主要法律依据。
- 《民法典》合同编：该编规定了违约金的调整原则和方法，为法院在审理合同纠纷时调整违约金数额提供了法律依据。
最后，在合同纠纷中，如果起诉时约定的违约金少于法院最终判定的违约金，诉讼费通常不会因此退还一部分。但具体是否退还及退还多少，还需根据案件具体情况和法院的最终裁决来确定。如果你在此类问题上还有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律建议。