当超市发生偷窃案但证据不足时，处理这类情况需要遵循严格的法律程序和原则，确保公正、公平和合法。以下是在不同诉讼阶段针对证据不足情况的具体处理方式：
一、侦查阶段
补充侦查：
- 公安机关在初步侦查后，如果发现证据不足以支持指控，会进一步开展侦查工作。这可能包括重新勘查现场，寻找可能遗漏的线索；询问更多证人，特别是那些可能目击到关键情况的人；对涉案物品进行更细致的检验，比如通过指纹、DNA等科技手段。
- 例如，如果现场没有提取到关键指纹，警方可能会再次仔细勘查，或者扩大搜索范围，看是否能找到其他物证。
释放嫌疑人或变更强制措施：
- 如果在法定期限内，公安机关无法收集到足够证据证明犯罪嫌疑人有罪，根据法律规定，应当依法释放嫌疑人或者变更强制措施，如取保候审或监视居住。
- 举例来说，如果警方拘留了嫌疑人，但在拘留期限内未能找到充分证据，就应当释放嫌疑人或者变更为取保候审。
二、审查起诉阶段
退回补充侦查：
- 人民检察院在审查案件时，如果认为证据不足，可以将案件退回公安机关补充侦查。补充侦查通常以两次为限，且应在一个月内完成。
- 例如，在一起复杂的盗窃案件中，检察院可能发现部分赃物去向不明，或者证人证言存在矛盾，这时就会将案件退回公安机关进一步调查。
作出不起诉决定：
- 如果经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，那么应当依法作出不起诉的决定。这体现了刑事诉讼中的“疑罪从无”原则。
三、审判阶段
- 无罪判决：
- 在审判过程中，如果法院认为证据不足，不能认定被告人有罪，那么应当依法作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
- 举例来说，在庭审中，如果控方提供的证据存在重大瑕疵，无法形成完整的证据链，法院经审理认为不能排除合理怀疑，就会宣告被告人无罪。
其他注意事项
- 嫌疑人权利保障：在证据不足的情况下，嫌疑人有权向相关部门说明情况，提供自己的不在场证明或解释相关疑点。相关部门应认真听取其陈述，并在后续调查中予以充分考虑。
- 受害者配合与责任：受害者应积极配合公安部门的调查工作，提供有助于收集证据的线索。但需注意，不可故意捏造虚假证据，否则将面临法律制裁。
- 司法公正与严谨性：在整个处理过程中，司法机关应保持高度的公正性和严谨性，确保每一步都符合法律法规的要求，避免无根据的指控和冤假错案的发生。
综上所述，当超市偷窃案证据不足时，司法机关会严格按照法定程序进行操作，通过补充侦查、退回补充侦查、作出不起诉决定或无罪判决等方式来处理。同时，也会充分保障当事人的合法权益，维护法律的尊严和权威。