针对您作为大学生在签订三方协议后，因身体原因无法前往单位入职的情况，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，三方协议是《普通高等学校毕业生、毕业研究生就业协议书》的简称，它明确了毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务。这份协议一旦签订，就具有法律效力，对三方都有约束力。

针对您的情况，由于身体原因无法接受单位的工作安排（如长期上夜班），这属于个人原因导致的无法履行协议。在这种情况下，您首先应该做的是与用人单位进行坦诚的沟通，说明您的身体状况和无法入职的原因。

关于是否需要赔偿违约金：

1. 查看协议条款：您需要仔细查看三方协议中关于违约的条款。如果协议中明确规定了因个人原因无法入职需要赔偿违约金，那么您可能需要按照协议规定进行赔偿。但请注意，违约金的数额应当合理，不能过高。

2. 协商解决：即使协议中有违约条款，您也可以尝试与用人单位进行协商，看是否能够达成一个双方都能接受的解决方案。例如，您可以提出支付一部分违约金作为补偿，或者请求用人单位免除违约金。

3. 寻求学校帮助：作为毕业生，您可以向学校的就业管理部门寻求帮助。学校可能会协助您与用人单位进行沟通，或者提供一些法律建议。

4. 法律途径：如果协商无果，且您认为用人单位的违约条款不合理或过高，您可以考虑通过法律途径解决。这包括向劳动仲裁部门申诉或提起诉讼。但请注意，法律途径可能会耗费您较多的时间和精力。

针对您当前的具体建议：

• 尽快与用人单位沟通：说明您的身体状况和无法入职的原因，尝试达成一个双方都能接受的解决方案。
• 咨询学校就业管理部门：了解学校在这方面的政策和建议，寻求学校的帮助和支持。
• 保留相关证据：如医疗证明、与用人单位的沟通记录等，以备不时之需。

最后，我想强调的是，虽然三方协议具有法律效力，但在处理这类问题时，双方的理解和协商是非常重要的。希望您能够尽快与用人单位达成一个满意的解决方案，顺利解决这个问题。