针对自然灾害造成在建工程损失的结算问题，以下是从多个角度给出的详细解答：

1. 明确灾害性质与合同条款

   • 灾害性质界定：首先，需要明确自然灾害是否属于不可抗力范畴。通常，地震、洪水、台风等自然灾害可被认定为不可抗力，这是法律上的一种免责事由，意味着因这些灾害导致的损失，双方可能无需承担违约责任。
   • 合同条款审查：接下来，要仔细审查建设工程合同中关于不可抗力及损失承担的具体条款。合同中可能会明确规定，在不可抗力发生时，双方应如何分担损失，以及各自的权利和义务。这是后续索赔和结算的重要依据。

2. 及时履行通知和证明义务

   • 书面通知：在自然灾害发生后，承包人应尽快以书面形式向发包人发出通知，详细说明灾害情况，包括灾害发生的时间、地点、影响范围等。
   • 提供证据：同时，承包人需要收集并提交相关证据材料，如气象报告、地震证明、现场照片、视频、损失清单等，以证明灾害的发生和损失的程度。这些证据材料应真实、准确、完整，以便后续索赔和结算。

3. 损失分类与承担原则

   • 工程本身损害：一般来说，工程本身的损害应由发包人承担修复费用。这是因为工程本身是发包人的财产，承包人只是按照合同约定进行施工。
   • 人员伤亡损失：人员伤亡损失应由各自单位负责。即发包人负责发包方人员的伤亡损失，承包人负责承包方人员的伤亡损失。
   • 施工设备和材料损坏：施工设备和材料的损坏通常由承包人自行承担。这是因为这些设备和材料是承包人为了施工而准备的，其风险应由承包人承担。
   • 工程清理和修复费用：工程清理和修复费用应由发包人负责。这是因为这些费用是为了恢复工程到原有状态而产生的，应由工程的所有者承担。
   • 停工期间费用：在停工期间，必要的管理人员和保卫人员的费用应由发包人承担。这是因为这些人员是为了保护工程和现场安全而存在的，其费用应由工程的所有者支付。

4. 提出索赔申请与结算流程

   • 准备索赔文件：承包人应准备详细的索赔文件，包括索赔信、索赔报告、损失证据等。这些文件应详细、客观、有说服力，以便发包人能够充分理解索赔的理由和金额。
   • 提交申请：在合同约定的索赔期限内，承包人应将索赔文件正式提交给发包人，并确保其签收。这是索赔流程的重要一步，也是后续结算的基础。
   • 协商与结算：发包人收到索赔文件后，应与承包人进行协商，就损失金额和分担方式进行达成一致。如果协商成功，双方可以签订结算协议，明确各自的权利和义务。

5. 考虑保险理赔的可能性

   • 及时报案：如果承包人购买了相关保险（如建筑工程一切险），在自然灾害发生后，应及时向保险公司报案，以便启动理赔程序。
   • 提供理赔资料：按照保险公司的要求，承包人需要提供必要的理赔资料和证明文件，如损失清单、现场照片、气象报告等。这些资料应真实、准确、完整，以便保险公司能够顺利地进行核查和理赔。

6. 法律途径解决争议

   • 友好协商：在索赔和结算过程中，双方应秉持诚实信用原则，通过友好沟通寻求解决方案。这有助于维护双方的合作关系，避免不必要的法律纠纷。
   • 第三方调解：如果协商不成，双方可以考虑邀请第三方机构进行调解。调解是一种灵活、高效的争议解决方式，可以帮助双方达成互利共赢的解决方案。
   • 仲裁或诉讼：如果调解无果，根据合同中的争议解决条款，双方可以选择仲裁或诉讼方式解决争议。仲裁或诉讼是法律途径解决争议的最后手段，也是保障双方权益的重要途径。

总结与建议： 自然灾害造成的在建工程损失结算问题复杂且关键，需要承包人严格按照合同约定和法律规定进行操作。在处理此类问题时，建议承包人首先明确灾害性质和合同条款，及时履行通知和证明义务；然后合理分类损失并明确承担原则；接着按照索赔流程提出申请并与发包人进行协商；同时考虑保险理赔的可能性；最后，如果协商不成，可以通过法律途径解决争议。在整个过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。