针对“在建政府投资项目发生自然灾害损失怎么办”的问题，以下是我的专业解答：

首先，应明确自然灾害损失属于不可抗力事件，通常可免于承担违约责任，但需根据具体情况进行妥善处理。

1. 及时通知与记录：

   • 项目单位在遭受自然灾害后，应立即通知相关部门和机构，包括上级主管部门、保险公司（如有投保）、监理单位等。
   • 详细记录灾害发生的时间、地点、影响范围、损失情况等，并拍摄照片或视频作为证据。

2. 评估损失与报告：

   • 组织专业团队对损失进行评估，包括直接经济损失和间接经济损失。
   • 编制详细的损失报告，并上报给相关部门，以便后续处理。

3. 保险理赔：

   • 如果项目已经投保了相关保险（如建筑工程一切险），应及时向保险公司报案，并按照保险合同的约定提交理赔资料。
   • 积极配合保险公司的调查与核损工作，以便尽快获得保险赔款。

4. 政府救助与补贴：

   • 了解政府是否提供针对自然灾害的救助政策或补贴，如有，应按照规定程序申请。
   • 准备相关证明材料，如损失报告、灾害证明等，以便政府审核。

5. 合同调整与协商：

   • 对于因自然灾害导致合同无法履行或延期的情况，应与合同相对方进行协商，寻求解决方案。
   • 必要时，可依据相关法律法规和合同条款，申请变更或解除合同。

6. 恢复与重建：

   • 在确保安全的前提下，尽快开展恢复与重建工作。
   • 制定详细的恢复计划，包括资金筹措、施工安排等，并报请相关部门审批。

7. 法律咨询与争议解决：

   • 在处理过程中，如遇到复杂的法律问题或争议，应及时咨询专业律师。
   • 律师可提供法律意见、协助制定解决方案，并在必要时代表项目单位进行诉讼或仲裁。

综上所述，在建政府投资项目发生自然灾害损失时，应综合考虑多个方面，采取妥善措施进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。