在工程一切险中，当自然灾害（如暴雨、台风等）导致第三者财产损失时，处理方式主要依据保险合同中的第三者责任保险部分来进行。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，建筑工程一切险中的第三者责任保险部分，是专门设计来承保投保企业对第三者依法应当承担的经济赔偿责任风险的。这意味着，如果因为自然灾害导致了工地内或邻近区域的第三者财产损失，且这种损失在保险合同的承保范围内，那么被保险人（即投保企业）有权向保险公司提出索赔。
然而，在实际操作中，事故发生后，被保险人与保险人（即保险公司）对于第三者责任保险部分的承保范围往往会产生分歧。这主要是因为保险合同中的条款可能较为复杂，且对于“自然灾害”和“第三者财产损失”的具体定义和范围可能存在不同的理解。
为了处理这种情况，建议被保险人采取以下步骤：
仔细审查保险合同：首先，被保险人需要仔细审查保险合同中的第三者责任保险部分，特别是关于自然灾害和第三者财产损失的定义、范围以及免责条款等。这有助于被保险人明确自己的权利和义务。
及时通知保险公司：一旦发生自然灾害导致第三者财产损失的情况，被保险人应立即通知保险公司，并按照保险公司的要求提供相关的证明材料和损失清单。
与保险公司协商：在提供完必要的证明材料后，被保险人应与保险公司进行协商，就损失金额、赔偿方式等具体问题进行沟通。如果双方能够达成一致意见，那么可以按照协商结果进行赔偿。
寻求法律援助：如果被保险人与保险公司无法就赔偿问题达成一致意见，那么被保险人可以考虑寻求法律援助，通过法律途径来解决争议。
总的来说，当自然灾害导致第三者财产损失时，被保险人应依据保险合同中的第三者责任保险部分来处理。在处理过程中，被保险人需要仔细审查合同条款、及时通知保险公司、与保险公司协商并寻求法律援助（如果需要）。这样，才能确保自己的合法权益得到保障。