结论：一套资质开多个店铺是否违法，需根据具体资质类型、行业规定及法律法规综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 资质类型与行业规定

• 特许经营资质：若资质属于特许经营（如餐饮、教育、医疗等），通常需“一店一证”，即每个店铺需单独申请资质。例如，餐饮行业需办理《食品经营许可证》，每个门店需独立申请，否则可能构成“无证经营”，面临行政处罚（如罚款、停业整顿）。
• 一般性资质：若资质为普通营业执照或行业通用许可（如贸易公司营业执照），且行业无“一店一证”要求，则可能允许一套资质开多家店铺。但需注意：
  • 分支机构备案：若店铺为分公司或分支机构，需在工商部门备案，否则可能被认定为“擅自设立经营场所”。
  • 税务合规：每个店铺需独立核算、申报税务，否则可能涉及偷逃税款等违法行为。

2. 法律法规限制

• 《公司法》与《市场主体登记管理条例》：
  根据规定，公司设立分支机构需向登记机关申请备案，并公示相关信息。若未备案，可能被责令改正并处罚款（如《市场主体登记管理条例》第43条）。
• 行业专项法规：
  部分行业对“一证多店”有明确限制。例如：
  • 药品经营：根据《药品经营质量管理规范》，药品零售企业需“一店一证”，且不得跨区域经营。
  • 烟草专卖：根据《烟草专卖许可证管理办法》，零售许可证需“一店一证”，且店铺间距需符合规定。

3. 法律后果与风险

• 行政处罚：
  若违反“一店一证”规定，可能面临罚款、没收违法所得、吊销资质等处罚。例如，无证经营餐饮可能被处以5万-50万元罚款（《食品安全法》第122条）。
• 民事责任：
  若因资质问题导致消费者权益受损（如食品中毒），企业可能需承担赔偿责任，且可能因“欺诈”面临惩罚性赔偿。
• 刑事责任：
  若通过伪造资质、虚假备案等手段开设店铺，可能构成“伪造国家机关证件罪”或“非法经营罪”，面临刑事处罚。

4. 合规建议

• 核查资质类型：确认资质是否属于“特许经营”或“行业专项许可”，并查阅相关法规是否要求“一店一证”。
• 咨询主管部门：向当地市场监管、行业主管部门（如教育局、卫健委）确认具体要求，避免误解。
• 完善备案与税务：若允许多店经营，需确保分支机构备案、税务登记等手续齐全。
• 定期自查：定期检查店铺资质有效性，避免因过期或变更未更新导致违法。

总结：一套资质开多个店铺是否违法，需结合资质类型、行业规定及法律法规综合判断。建议先核查资质性质，再咨询主管部门或律师，确保合规经营。若有进一步疑问，可直接向我咨询公司法务相关问题。