结论：个人申请工伤认定时公司不配合，并不意味着赔偿金全部由公司出，但公司确实需要承担相应的工伤赔偿责任。具体赔偿情况需根据工伤认定结果和劳动能力鉴定结果来确定。
详细分析：
公司不配合的法律后果：
- 当公司不配合工伤认定申请时，劳动者或其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 公司不配合并不影响工伤认定的进行，社会保险行政部门会根据提交的证据材料进行审核调查，并作出是否认定为工伤的决定。
工伤赔偿的确定：
- 工伤赔偿的金额和项目并非由公司单方面决定，而是根据工伤认定结果和劳动能力鉴定结果来确定。
- 如果劳动者被认定为工伤，且经过劳动能力鉴定确定了伤残等级，那么劳动者有权享受相应的工伤保险待遇，包括医疗费、护理费、停工留薪期工资、一次性伤残补助金等。
- 这些赔偿项目由工伤保险基金支付（如果公司已为员工缴纳工伤保险）或由公司直接支付（如果公司未缴纳工伤保险）。
公司不支付赔偿的处理方式：
- 如果公司不配合工伤认定且不支付工伤赔偿，劳动者可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
- 具体途径包括：申请劳动仲裁，要求公司支付工伤赔偿；向劳动监察部门投诉，要求对公司进行处罚并督促其支付赔偿；在必要时，还可以向人民法院提起诉讼。
公司承担全部赔偿的情况：
- 在某些特殊情况下，如果公司未依法为员工缴纳工伤保险，且被认定为工伤，那么公司可能需要承担全部的工伤赔偿责任。
- 但这并不意味着只要公司不配合工伤认定，就需要承担全部赔偿。赔偿的确定仍然需要依据工伤认定和劳动能力鉴定结果。
建议：
- 如果你在申请工伤认定时遇到公司不配合的情况，不要慌张，及时收集相关证据（如劳动关系证明、工伤发生相关证据等），并按照规定向社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 在等待工伤认定结果的同时，你可以咨询我，了解具体的赔偿项目和金额，以及后续的法律维权途径。
- 如果公司最终不支付工伤赔偿，你可以通过劳动仲裁、劳动监察投诉或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
例子：
假设小李在工作中受伤，但公司不配合其工伤认定申请。小李可以自行收集劳动合同、工资支付记录、现场照片等证据，并向社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果小李被认定为工伤，且经过劳动能力鉴定确定了伤残等级，那么他有权享受相应的工伤保险待遇。如果公司不支付这些待遇，小李可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来要求公司支付。