结论：货款已付清但对方公司仍起诉您，您不必过于惊慌。首先应核实起诉的具体内容，然后积极准备证据材料进行应诉，必要时可考虑反诉或协商解决。以下是对此问题的详细分析：
一、核实起诉内容
了解起诉原因：您需要仔细阅读对方公司的起诉状，了解他们起诉您的具体原因和诉求。这有助于您确定应对策略，比如是对方误解了事实、存在合同条款争议，还是对方故意为之。
确认货款支付情况：回顾您与对方公司的交易记录，确认货款是否确实已经付清。包括付款时间、付款方式、付款金额等细节，确保没有遗漏或错误。
二、准备证据材料
付款凭证：收集并整理所有与货款支付相关的凭证，如银行转账记录、收据、发票等。这些凭证是证明您已经付清货款的关键证据。
合同文件：提供您与对方公司签订的货物买卖合同，特别是关于货款支付条款的部分。这有助于证明您按照合同约定履行了付款义务。
沟通记录：如果双方在交易过程中有过书面或口头的沟通，特别是关于货款支付的沟通，也应作为证据材料准备。这些记录可能包括电子邮件、短信、微信聊天记录等。
三、积极应诉
提交答辩状：在收到起诉状后，您需要在法定期限内提交答辩状，对对方公司的起诉进行回应和反驳。在答辩状中，您可以详细阐述货款已经付清的事实和证据，以及对方公司起诉的不合理之处。
参加庭审：按照法院的通知参加庭审，积极陈述自己的观点和事实，出示准备好的证据材料。在庭审过程中，保持冷静和理性，尊重法官和对方公司的代理人。
四、考虑反诉或协商解决
反诉：如果您认为对方公司的起诉存在恶意或不当行为，且给您造成了损失，您可以考虑在应诉的同时提起反诉，要求对方公司赔偿您的损失。
协商解决：在诉讼过程中，您也可以与对方公司进行协商，寻求和解或调解。如果双方能够达成一致意见，可以签订和解协议或调解书，结束诉讼程序。
五、法律后果与风险提示
法律后果：如果法院最终判决您败诉，您可能需要承担支付货款、利息、诉讼费用等法律责任。但如果您能够提供充分的证据证明货款已经付清，法院将不会支持对方公司的诉求。
风险提示：在处理此类纠纷时，您需要注意保护自己的合法权益，避免因为疏忽或不当行为而给自己带来不必要的法律风险。同时，也要尊重法律程序和对方公司的权益，以合法、合理的方式解决纠纷。
建议：面对对方公司的起诉，您应保持冷静和理性，积极准备证据材料进行应诉。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。