如果法院出具了调查令，但被告不配合，您可以采取以下措施来应对：

1. 向法院报告并申请强制措施：

   • 首先，您应当及时向出具调查令的法院报告被告不配合的情况，并附上相关证据，如调查令副本、送达回证、被告拒绝配合的记录等。
   • 法院在收到报告后，会根据具体情况决定是否对被告采取强制措施，如罚款、拘留等，以迫使其配合调查。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，对于妨碍民事诉讼的行为，法院有权采取相应的强制措施。

2. 申请法院直接调查取证：

   • 如果被告持续不配合，且调查内容对案件审理至关重要，您可以向法院申请由法院直接进行调查取证。
   • 法院在认为必要时，可以依职权调查收集证据，以确保案件的公正审理。

3. 考虑证据的替代性或补充性：

   • 在被告不配合的情况下，您也可以考虑寻找其他证据来支持您的主张，或者对已有证据进行补充和强化。
   • 例如，您可以尝试从其他渠道获取相关信息，或者通过证人证言、鉴定意见等方式来证明案件事实。

4. 在诉讼中主张不利后果：

   • 如果被告的不配合行为导致您无法获取关键证据，从而影响了案件的审理结果，您可以在诉讼中主张由被告承担不利后果。
   • 法院在审理案件时，会根据双方当事人的举证情况，结合案件事实和法律规定，作出公正的判决。如果被告因不配合调查而导致您举证不能，法院可能会据此认定被告承担相应的法律责任。

在处理此类情况时，您还需要注意以下几点：

• 保持冷静和理性：面对被告的不配合行为，您应当保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为来应对。
• 及时与法院沟通：在整个过程中，您应当及时与法院沟通，了解案件的进展情况，并根据法院的指导采取相应的措施。
• 充分准备证据：为了应对可能出现的各种情况，您应当充分准备证据，确保在诉讼中能够有力地支持自己的主张。

如果被告的不配合行为构成了妨碍民事诉讼的行为，法院除了可以采取强制措施外，还可能根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。因此，您应当积极应对被告的不配合行为，维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。