被告人若在法庭上不配合调查，法庭会依法采取相应措施确保庭审顺利进行，具体处理方式需结合其不配合的具体情形及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 法庭可依法采取强制措施
   根据《刑事诉讼法》第194条，若被告人在法庭上拒不服从审判长指挥（如拒绝回答合理提问、扰乱庭审秩序等），审判长有权警告制止；经警告后仍不改正的，可责令其退出法庭；若被告人拒不退出，可指令法警强制带离；情节严重的（如暴力抗法、侮辱司法人员等），可能被处以15日以下司法拘留或罚款。

2. 不配合行为可能影响量刑
   若被告人的不配合行为构成“认罪态度恶劣”（如拒不认罪且无合理理由、编造谎言干扰调查等），法院在量刑时会将其作为从重处罚的情节予以考量。例如，在故意伤害案中，被告人若当庭翻供且无证据支持，可能被认定为“拒不认罪”，进而影响缓刑适用或基准刑的调节。

3. 法庭仍会依法推进调查程序
   被告人的不配合不会导致庭审中断。法庭可通过以下方式继续调查：

   • 依职权调查：对关键事实（如犯罪时间、地点等），法庭可主动调取监控、书证等证据，或要求公诉人补充举证；
     
   • 证人出庭：若被告人拒绝陈述，法庭可优先审查证人证言、鉴定意见等其他证据；
     
   • 推定认定：在特定情形下（如被告人拒绝说明赃款去向且无合理理由），法庭可能依据证据规则推定其不利主张成立。

4. 特殊情形下的处理

   • 未成年人或精神障碍者：若被告人因年龄、精神状况无法配合，法庭会通知法定代理人或指定合适成年人到场，或中止审理并启动鉴定程序；
     
   • 翻译或通信障碍：若被告人因语言、听力问题无法配合，法庭会提供翻译或辅助设备，确保其理解庭审内容。

建议：若您作为当事人或家属遇到此类情况，可重点关注法庭是否依法履行了警告、强制带离等程序，并收集被告人不配合行为的具体证据（如庭审录像、笔录），以便在上诉或申诉阶段主张程序违法。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。